竣工した呂1型は呉鎮守府籍となり、当初S型、海中1型、海中2型からなる第14潜水隊に編入された。その後呉鎮守府と横須賀鎮守府で潜水隊を育成してきた海軍は佐世保鎮守府にも潜水隊を配置することとし、大正9年12月1日に潜水隊を編成。佐鎮の固有番号が与えられて第21潜水隊となった。編成と同時に佐世保鎮守府籍に改められ、佐世保鎮守府佐世保防備部隊に配備された。船体構造の欠陥から潜航深度20mが限界で[1]、また主機のフィアット式ディーゼル機関の整備が難しく計画速力を達成できないなどの問題があったため艦隊に召集されず、昭和7年4月1日に所属艦が除籍されると同時に解隊された。