大分県では、合計13の病院が災害拠点病院として指定されている。このうち、大分県立病院は基幹災害医療センターとして大分県における災害医療の中心的な役割を果たし、他の12の病院は各二次医療圏に少なくとも1以上が配置され、地域災害医療センターとして各医療圏における中心的な役割を担っている。
大分県の拠点病院は一つの二次医療圏に複数の病院が指定されていることがあるが、これは、それまでの大分県地域保健医療計画に代わり、2008年に大分県医療計画が策定されたことで下記の通り10圏域の二次医療圏が6圏域に再編されたこととも関係する。