全国に11カ所(東京・横浜・大阪・神戸・名古屋・広島・下関・北九州・博多・長崎・函館)所在した水上警察署の一つであった(横浜・大阪・神戸は現存する)。
東京水上署は警視庁第1方面に属していた。2007年9月定例都議会で新たに「東京湾岸警察署」を設置し水上署を廃止する条例改正案が可決され、2008年3月30日をもって廃止された。港区港南5丁目8番の庁舎(レインボーブリッジのループ部の対岸、港清掃工場に隣接)は同署廃止後に東京湾岸署の別館とされ、舟艇課を改称した「水上安全課」が引き続き使用している。
※以下のデータは、すべて廃止時点(2008年3月30日現在)のものである。