主たる任務としては、港湾施設の運用、艦船の錨地の指定、艦船に対する便宜供与、支援船(水中処分隊に配属されるものを除く。)の管理及び運用、港湾及び水路の安全確保を行う[1]。
その実務は多岐にわたり、最も基本的な曳船による出入港支援から港湾設備の保守管理まで手広く行っており、支援船を多数保有する。また、各支援船の船長・機関長は幹部だけでなく海曹が指定される場合も多い。これらの配置に就く者は、運航・機関の海技資格(部内)保持者である[2]。
なお、地方隊のある主要5基地以外の小規模基地や航空基地、術科学校に配備されている支援船は、港務隊ではなく当該部隊が運用している。