1887年（明治20年）6月2日、監軍部条例（勅令第18号）が制定され、教育総監部の前身である第二次「監軍部」が設置された。その任務は「陸軍軍隊練成ノ斉一ヲ規画」する陸軍の教育を担当した。長官は天皇に直隷する監軍（大将または中将）で、以下、参謀長（少将または大佐）、将校学校監（少将）、騎兵監（少将または騎兵大佐）、砲兵監（少将または砲兵大佐）、工兵監（少将または工兵大佐）、輜重兵監（少将または輜重兵大佐）が置かれた。
監軍は、勅命により検閲使として軍隊を検閲する役割も担った。騎兵監などの各兵監は、それぞれの本科に関する調査、研究、審議、立案を担った。
1898年（明治31年）1月22日に制定された教育総監部条例（勅令第7号）により、監軍部は教育総監部に改編された。（教育総監部については教育総監を参照）
- 1887年6月2日 監軍部設置
- 1888年5月17日 陸軍乗馬学校を騎兵監の管轄とする。
- 1890年9月20日 砲兵監を「要塞砲兵監」と「野戦砲兵監」に分ける。
- 1893年12月16日 将校学校監を廃止し、所管陸軍諸学校を監軍直轄とする。
- 1898年1月22日 教育総監部に改編。
- （兼）山縣有朋 中将：1887年5月31日 -
- （兼）大山巌 中将：1888年2月3日 -
- （兼）山縣有朋 中将：1889年10月3日 -
- （兼）大山巌 中将：1889年12月24日 -
- 三好重臣 中将：1890年6月7日 -
- 山縣有朋 大将：1894年12月18日 -
- （臨時）大山巌 大将：1896年3月16日 -
- 山縣有朋 大将：1896年7月31日 - 1898年1月20日
- 児玉源太郎 大佐：1887年6月3日 - 1892年8月23日
- 大島久直 少将：1892年9月7日 - 1893年11月22日
- 岡沢精 少将：1893年11月22日 - 1894年8月30日
- （兼・事務取扱）波多野毅 歩兵大佐：1894年9月13日 - 1895年8月10日
- 井上光 少将：1895年8月20日 - 1898年1月20日
- 滋野清彦 少将：1887年6月6日 -
- 野崎貞澄 少将：1889年8月24日 - 1890年6月7日
- 不明：1890年6月7日 -
- 岡沢精 少将：1892年11月22日 - 1893年11月22日
- （兼）岡沢精 少将：1893年11月22日 -
- 大築尚志 少将：1887年6月4日 - 1890年9月30日
- 監軍直轄
- 将校学校監管轄
- 騎兵監管轄（1888年5月17日より）
※陸軍大学校は参謀本部の管轄。
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