La Baïkonyr a une longueur de 235 kilomètres et son bassin versant a une superficie de 4 940 km2.
Le Baïkonyr prend sa source au confluent des rivières Kurambai et Aktas, sur les versants sud-ouest du massif d'Olytaou.
Elle coule vers le sud-ouest dans une vallée, atteignant une largeur maximale de 2 kilomètres au nord-est de la Kalmakkyrgan.
Dans sa dernière partie, elle s'écoule vers l'ouest, puis oblique vers le nord-ouest pour se jeter dans l'extrémité sud-est du lac Choubarteniz(en), au sud de l'embouchure de la rivière Jymyky[1].
La Baïkonyr est alimenté par les eaux souterraines et les chutes de neige hivernales.
La largeur de sa vallée varie de 50 m à 2 kilomètres, avec un débit moyen de 0,85 m³/s.
77 affluents, se jettent dans la Baïkonyr.
Au printemps, son eau est douce, mais elle devient salée à mesure que le débit diminue, et en été, il s'assèche en grande partie, se fragmentant en petites mares[2].
