Couthouy demande au président des États-Unis d'Amérique Andrew Jackson un poste au sein du corps scientifique de l'expédition d'exploration de 1838 de la marine américaine.
Bien qu'il ait méticuleusement étiqueté tous ses spécimens de l'expédition, Dall raconte comment « les autorités de Washington avaient nommé un homme vénéré qui ne connaissait rien à la science, avec un gros salaire, pour déballer et prendre soin des spécimens envoyés par l'expédition.» Ce monsieur a ensuite séparé les spécimens des étiquettes, rendant ainsi beaucoup de ceux-ci inutiles. Couthouy retourna à Washington et essaya de travailler ce qu'il pouvait de la collection et fut alors informé que son salaire devait être réduit de quarante-quatre pour cent. Il est ensuite retourné à sa profession de maître dans la marine marchande, visitant l'Amérique du Sud et le Pacifique[2].
En 1854, il prend le commandement d'une expédition dans la baie de Cumaná, où il passe trois années sans succès à la recherche de l'épave du navire contenant un trésor espagnol (le San Pedro) perdu au début du siècle.
Au cours de la guerre civile américaine, Couthouy reçut l'ordre de commander l'USSColumbia le , navire qui fut détruit, et Couthouy fut fait prisonnier. Plus tard, il a commandé l'USSOsage.
