Le , il est élu maire de Saint-Martin-de-Seignanx sous l'étiquette «Saint-Martin, une nouvelle ambition», une liste de divers courants politiques modérés. Il est également vice-président de la communauté des communes du Seignanx chargé du tourisme et du développement économique[2].
En 2015, il quitte le PS qui a, selon lui, «fait ces dernières années preuve d’autorité et de fermeture», notamment à la suite des élections départementales[3], lui-même étant battu dans son canton.
À la fin de 2016, il rejoint Emmanuel Macron, avec qui il estime avoir «la même vision de la politique», et adhère au mouvement En marche![3].
En 2017, Lionel Causse se déclare «contre le nucléaire» et opposé au cumul des mandats[1].
Il participe aux États généraux de l'alimentation[5],[6],[7] et s'engage pour la défense de la tarification sociale de l'eau[8]. Il poursuit son engagement pour la tarification sociale de l'eau en se prononçant pour une généralisation du dispositif nationalement[9]. Il défend cette position avec son collègue Hubert Wulfranc en tant que co-rapporteur d'une mission d'information de l'Assemblée nationale sur le bilan de l'expérimentation de la tarification sociale de l'eau[10].
En , à l'occasion de la remise en jeu des postes au sein de la majorité, il se porte candidat à la questure de l'Assemblée[11].
Par décret du [15], le Premier ministre Édouard Philippe charge Lionel Causse et Nicolas Turquois (Modem) d'une mission temporaire ayant pour objet la prise en compte des petites pensions. La mission conduite par les deux parlementaires recense environ 5,7 millions de retraités de droits directs touchant une pension de retraite inférieure à 1000 € bruts par mois. Il s’agit notamment de retraités ayant eu des carrières «heurtées»[16].
Député de la XVIe législature
En , candidat à sa réélection dans la deuxième circonscription des Landes, Lionel Causse arrive en tête du premier tour des élections législatives avec 33,78% des voix[17]. Opposé à Jean-Marc Lespade au second tour, il remporte l’élection face au maire communiste de Tarnos, membre de la coalition de la NUPES, en recueillant 51,94% des suffrages exprimés[18].
Par un arrêté en date du , publié au Journal officiel le , le ministre délégué chargé de la ville et du logement nomme Lionel Causse président du Conseil national de l'habitat (CNH)[20].
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