La marine kényane a été créée le , exactement un an après l'indépendance du Kenya. Celle-ci avait été précédée par la Marine royale coloniale de l'Afrique de l'Est (Royal East African Navy - REAN). À la suite de la dissolution de la REAN en 1962, les chemins de fer et les ports de l'Afrique de l'Est ont assuré le contrôle des opérations navales dans les anciennes colonies d'Afrique de l'Est jusqu'à ce que les États indépendants établissent leurs propres marines [1].
En 1972, le major J.C.J. Kimaro a été promu lieutenant-colonel par le président Jomo Kenyatta et nommé premier commandant de la marine kényane. Il est décédé dans un accident de la route en 1978 et le major-général E.S. Mbilu a pris le commandement jusqu'à sa retraite en 1988, lorsque le brigadier J.R.E. Kibwana a été promu major-général et nommé commandant de la marine.
En 2010, il a été rapporté que le Marine Naval Special Warfare Group 4 des USA a aidé à la création d'une nouvelle unité spéciale au sein de la marine kényane[2].
Le , la marine kényane a bombardé la ville somalienne de Kismayo. Cela faisait partie d'une offensive de l'Union africaine pour capturer la ville des combattants d'al-Shabab pendant la guerre civile somalienne. Le port a été bombardé deux fois et l'aéroport trois fois. Selon un rapport de l'ONU, l'exportation de charbon de bois via Kismaayo était une source majeure de revenus pour le groupe al-Shabab [3].
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