En 1789, Pierre François Dominique Bonnet, alors avocat dans sa ville natale, est élu représentant du tiers état pour le bailliage de Limoux, le deuxième et dernier, aux États généraux[1].
Il siège sur les bancs de la gauche de l'Assemblée. Le 4 mai 1791, il vote en faveur du rattachement du Comtat Venaissin à la France[2].
La monarchie constitutionnelle mise en application par la constitution du 3 septembre 1791 prend fin à l'issue de la journée du 10 août 1792 : les bataillons de fédérés bretons et marseillais et les insurgés des faubourgs de Paris prennent le palais des Tuileries. Louis XVI est suspendu et incarcéré, avec sa famille, à la tour du Temple.
En septembre 1792, Pierre François Dominique Bonnet est élu député de l'Aude, le deuxième sur huit, à la Convention nationale[3]. Il ne saurait être confondu avec son collègue et homonyme, Pierre-Louis Bonnet de Mautry, député du Calvados.
Selon l'historienne australienne Alison Patrick, il siège sur les bancs de la Montagne. Selon l'historienne française Françoise Brunel, il siège sur les bancs de Plaine[4]. Lors du procès de Louis XVI, il vote la mort, et rejette l'appel au peuple et le sursis à l'exécution de la peine[5],[6] :
L'expression de la volonté générale est la loi : la loi condamne les conspirateurs à la mort ; Louis a été, à l'unanimité, convaincu de conspiration, il mérite la mort.
Le 13 avril 1793, il s'abstient de voter lors du scrutin sur la mise en accusation de Jean-Paul Marat[7] :
Une amère diatribe dans laquelle aucune des grandes questions que présente une cause qui peut compromettre la représentation nationale tout entière, n'a été discutée, ni même présentée, n'est pas un rapport. [...] je déclare, en mon âme et conscience, que je ne puis voter, quant à présent.
Le 28 mai, il est absent lors du scrutin sur le rétablissement de la Commission des Douze[8].
Le 30 avril, Pierre François Dominique Bonnet est en effet envoyé en mission, aux côtés de Claude Fabre (député de l'Hérault), de Jacques-Augustin Leyris (député du Gard) et de Joseph-Étienne Projean (député de la Haute-Garonne), auprès de l'armée des Pyrénées orientales[9].
Le 8 brumaire an III (le 29 octobre 1794), il est élu membre de la Commission des Vingt-et-Un, chargée d'examiner la conduite de Jean-Baptiste Carrier (député du Cantal) accusé d'être responsable des fusillades et des noyades de Nantes[10].
Sous le Directoire, Pierre François Dominique Bonnet est réélu député et siège au Conseil des Anciens et son élection est validée par la loi du 22 floréal an VI (11 mai 1798)[11].