Après des études de théologie et de philosophie catholique à l'Université de Ratisbonne, Reinhard Pappenberger est ordonné prêtre le en l'église Saint-Blaise de Ratisbonne, par MgrManfred Müller. Par la suite, de 1985 à 1988, il exerce la charge d'aumônier de la paroisse Sainte-Marie de Sulzbach-Rosenberg, et de 1988 à 1990, dans la paroisse de Saint-Joseph de Weiden in der Oberpfalz. De 1990 à 1995, il est président du mouvement diocésain «Catholic Workers» et est parallèlement, jusqu'en 2005, vicaire de la paroisse Saint-Jean de Long Erling. En 2005, il est nommé ordinaire épiscopal du diocèse de Ratisbonne. Il est notamment responsable de la liturgie, de la musique religieuse, des mariages, de la pastorale, de la famille et de la jeunesse. Il est également aumônier du Conseil consultatif diocésain et représentant du Comité diocésain des clubs et des associations. En 2003, il est nommé chanoine du chapitre de la cathédrale du diocèse.