アドバンスドジェネレーション

ディーヴァ、コロニーファーデーンに入港。そこにデシル・ガレット出現。コロニーで繰り広げられていたザラムとエウバの抗争に対してフリットがガンダムで乱入する。ファーデーンにUE襲来、バクト投入。UE襲撃に対してザラムとエウバが共闘、ザラムのリーダードン・ボヤージがUE戦艦に特攻して戦死。 ディーヴァとザラム、エウバはUEの秘密基地と思われる宇宙要塞アンバット攻略に向けてコロニーミンスリーへ入港、大富豪アルザック・バーミングスからの支援を受け、更に並行してマッドーナ工房のムクレド・マッドーナの手助けにより艦の強化を行う。ストラー・グアバラン率いる連邦軍第8宇宙艦隊特別分権隊がグルーデック逮捕に現れるがガンダムに妨害され、またUEの襲撃を受けるもディーヴァに助けられる。 アンバット攻防戦ことコウモリ退治戦役開始。デシルの策略でユリン・ルシェル死亡。グルーデックらディーヴァクルーはアンバット内部へ突入、これまでの騒乱を引き起こしていたUE司令官ギーラ・ゾイと交戦、そこでギーラはUEの正体が見捨てられた火星移民の末裔たちの国ヴェイガンである事を暴露する。ギーラはグルーデックに射殺される。 アンバットは自爆により崩壊、ヴェイガンは打撃を受ける。グルーデック逮捕される。連邦政府は真実を隠蔽すべくコウモリ退治戦役を連邦軍総司令部の判断であるとでまかせを発表した。それ以降ヴェイガンと地球連邦は全面戦争へ突入する。

連邦軍のトルージンベースがドール・フロストを含むヴェイガン部隊に襲撃される。しかしフリットの部隊の活躍でヴェイガン部隊は撃退される。この戦いはアーシュランス戦役として語り継がれていった。この功績でフリットは3階級特進し、後に地球連邦軍の司令官へと出世していく。

ヴェイガン兵士ゼハート・ガレット、コロニートルディアへ潜入、アセム・アスノやロマリー・ストーンと出会う。 トルディアにヴェイガンが襲撃するも、アセムの乗るAGE-1により撃退される。

• アセムとロマリー、連邦軍へ入隊、ディーヴァのウルフ隊に配属される。ガンダムAGE-2ロールアウト。
• ゼハートはイゼルカントによりヴェイガン地球侵攻軍司令官に任命される。ゼイドラとクロノスがロールアウトする。

連邦軍総司令本部ビッグリング攻防戦、ヴェイガン側はマジシャンズ8を投入するも連邦軍の戦術に苦戦、ゼハート自らが出撃するも結局撤退する。 ソロンシティのテクノソロン社のヴェイガンへの加担が発覚する。グルーデック釈放、連邦上層部内の内通者の情報を携えてフリットと再会するも、内通者に唆されたアラベル・ゾイに暗殺される。 ヴェイガンは移動要塞ダウネスを中心に工業コロニーノートラムへ侵攻を開始、ノートラム沖海戦が開始する。大規模激戦の末にウルフ・エニアクルやデシル、ドールらマジシャンズ８等が戦死、ダウネスがアクシデントで地球に落下しかけるもアセムとゼハートの活躍で地球落下前に破壊される。その際にゼハートは行方不明となる。なお、ダウネス爆破のどさくさでメデル・ザントを始めとする1000人近くのヴェイガン軍人が脱出カプセルで地球に降下、あるものはコールドスリープ装置で時を待ち、あるものは地下活動を、またあるものは地球種と結婚して子供をもうけた。 ノートラム沖海戦の起きた日はちょうど天使の落日が起きた日でもあるらしく『勇気の日』と呼ばれる事になる。

とある海域でアセムのAGE-2ダブルブレイドが龍のような姿のヴェイガンMSと交戦する。

天使の落日から41年後にしてノートラム沖海戦から1年後、地球首都ブルーシアの「勇気の日」の慰霊式典にてフリットによりフロイ・オルフェノア首相のヴェイガンとの内通が暴露される。その式典をザントの部隊が襲撃するもアセムのAGE-2により撃破される。 その後フロイ首相は死刑にされ、そしてフリット率いる粛清委員会による連邦政府や軍内部の内通者達の逮捕・抹殺が行われ、連邦の大規模な組織改革が行われる。新体制の地球連邦政府は地球を中心とした新政権を樹立する。 アセムとロマリーが結婚する。 だが改革したものの後に連邦軍内部で略奪同然の臨検や麻薬の密輸などの不正行為が続発するようになり、それに反発する反政府組織や宇宙海賊が発生する。元連邦軍特殊部隊の士官アングラッゾにより宇宙海賊ビシディアンが組織される。

キオ・アスノ誕生。 連邦の不正やヴェイガンの暴挙に抵抗するビシディアン、EXA-DBを発見するも防衛MSシドの攻撃を受ける。アセム、消息不明艦の捜索任務中にビシディアンから脱走していたウィービック・ランブロの乗るGサイフォスとシドの交戦に遭遇、ウィービックと共闘するが相打ち同然となりAGE-2大破、行方不明のアセムは戦死扱いとなり、AGEシステムとAGEデバイスが連邦軍に回収される。アセムはAGE-2の残骸と共にビシディアンに回収される。 フリット引退。それ以降、連邦軍の改革が中途半端になってしまう。 ビシディアン、AGE-2の残骸をもとにMSダークハウンドを完成させる。キャプテン・アングラッゾ死去、以降はアセムはキャプテン・アッシュとしてビシディアンを率いてかつての父親と同様にヴェイガンに内通する連邦軍部隊の暗殺を行う。

• 勇気の日にヴェイガンの新型移動要塞ラ・グラミスがビッグリングを破壊、ヴェイガンの部隊が地球に多数降下。その直後のイゼルカントの地球侵略宣言により、地球各地に潜伏していたヴェイガンの潜入部隊が各地で一斉に攻撃を開始する。ゼハートの部隊、オリバーノーツを襲撃、キオが祖父フリットから託されたガンダムAGE-3に乗り込む。アクト３基地のアビス隊と連携しつつゼハート部隊を撃退する。ディーヴァの艦長にナトーラ・エイナスが任命される。キオはアビス隊と共にディーヴァに配属される。地球の4割がヴェイガンの占領下となる。砂漠地帯にてファントム3により連邦軍部隊が壊滅させられる。
• ディーヴァ、南米の連邦軍臨時司令部ロスト・ロウラン基地へ向かうも、内通者によりロスト・ロウランが攻撃を受ける。基地内部にプラズマ粒子爆弾が設置されるも全て除去され、ヴェイガンは撤退する。
• ディーヴァ、ラ・グラミス攻略の為、月のルナベースに向かう。その途中のサルガッソー宙域でアッシュ率いるビシディアンの待ち伏せを受ける。その最中にヴェイガン部隊の襲撃を受けるもアビス隊とビシディアンの手で撃退させる。フリット、アッシュの正体がアセムであることに気づく。

アセムはメッセージカプセルでディーヴァにEXA-DBの存在を教える。ゼハート部隊、イゼルカントからEXA-DB捜索の命を受ける。 ザナルト隊とゼハート隊がディーヴァを襲撃、キオがAGE-3共々鹵獲される。ビシディアン、キオの救出に向かう。キオ、ヴェイガン首都セカンドムーンに護送され、イゼルカントと対面し、ヴェイガン本土の実情を目の当たりにしアノン兄妹と出会う。 ヴェイガンは鹵獲したAGE-3を分析し、ガンダムレギルスを完成させる。ルウ・アノン死去。ビシディアン、セカンドムーンを襲撃、キオを奪回する。イゼルカント、キオに自身の目標を伝える。

• キオとアセム、ロマリーと再会する。
• ガンダムAGE-FX完成。
• ルナベース、アローン・シモンズとジラード・スプリガン(レイナ・スプリガン)の寝返りによりヴェイガンに占拠される。
• ルナベース奪還作戦が開始される。ビシディアン乱入、アローン、ジラード死亡。ルナベース奪回される。

ゼハート、イゼルカントからヴェイガンの全権を託される。ゼハートの乗るレギルスがシドと交戦、ダークハウンドも参戦しシドは大破する。 ラ・グラミス攻防戦開始。アビス隊壊滅。ディーン・アノン戦死。ザナルド・ベイハート戦死。ディーヴァ轟沈、フラム・ナラ戦死、ゼハート戦死。 ヴェイガン側はヴェイガンギアと投入、その途中で復活したシドが乱入ヴェイガンギアと合体してヴェイガンギア・シドに変貌、セカンドムーン崩壊の危機。キオとアセムの説得でフリットが連邦軍とヴェイガンの両軍にセカンドムーン救援を要請、AGE-FXによりヴェイガンギア・シド破壊。その直後にイゼルカント死去。