下水処理において、国土交通省のデータによれば、平均的には大部分が除去されてはいるが、中には処理水の方が下水中よりも高濃度になっているものもあった。特に、E2は除去率が高いが、E1は少々残留する場合があるようである。下水処理では、初段階においては、好気的環境でE2→E1が起きるが、抱合体となっているものは除去が難しいようである。これが、後に切断され、環境中で魚類の雌雄同体化などの影響を及ぼすことが考えられるが、まだ、研究の途上であり詳しい挙動は分かっていない。現在[いつ?]、下水処理場でのエストラジオールの除去に関する研究なども行われている。