正確にどの目がフクロエビ上目に含まれるかについては、若干の不合意がある。Martin & Daviesは、以下の11目を含めている[6]。
- 端脚目 (Amphipoda) Latreille, 1816
- クーマ目 (Cumacea) Kroyer, 1846
- ワラジムシ目 (Isopoda) Latreille, 1817
- ロフォガスター目 (Lophogastrida) G. O. Sars, 1870
- ミクトカリス目 (Mictacea) Bowman, Garner, Hessler, Iliffe & Sanders, 1985
- アミ目 (Mysida) A. H. Haworth, 1825
- Pygocephalomorpha目 Beurlen, 1930 ・・・現在は絶滅しているグループ
- スペレオグリフス目 (Spelaeogriphacea) Gordon, 1957
- Stygiomysida目 Tchindonova, 1981
- タナイス目 (Tanaidacea) Dana, 1849
- テルモスバエナ目 (Thermosbaenacea) Monod, 1927
しかし、Ruppert, Fox and Barnesはテルモスバエナ目を除外し、これをPancaridaという別の目に含めている。また、ロフォガスター目、アミ目とPygocephalomorpha目を1つのアミ目 (Mysidacea) にまとめている[3]。しかし、Meland and Willassenは分子データによりこの3つの目は近縁ではないことを示した[7]。また、Lowry and Myersは端脚目 (Amphipoda) の1亜目であったインゴルフィエラを、形態分類に基づいて目に昇格させている[8]。
