免訴判決が実体判決か否かには議論があるが、形式判決と見ても一事不再理の効力があるとされる。
免訴判決が出た場合でも、控訴・上告・抗告は認められている。免訴判決に対して被告人側から、控訴・上告できるかについては学説上争いがある。有力説は免訴よりも無罪判決の方が被告人にとっては刑事補償などの点でより有利であるから、上訴の利益はあるとしてこれを認めるが、最高裁判例(プラカード事件上告審判決)はこれを否定している。
なお、免訴でも無罪と推定される場合は刑事補償を受けることができる(刑事補償法第25条)。