科学技術振興機構研究開発戦略センター長で名古屋大学特別教授の野依良治とシカゴ大学・中部大学教授、名古屋大学名誉教授の山本尚が発案し、財団法人万有生命科学振興国際交流財団（現・公益財団法人MSD生命科学財団）の支援を受け、1995年（平成3年）に創設されたもの[1][2]。
国際的に偉大な業績をあげた合成化学者に贈られるゴールドメダルと合成化学分野において優れた業績をあげ、今後の発展が期待されるライジングスターに贈られるシルバーメダルがあり[2]、名古屋メダル組織委員会の選考により選出されている[1]。