天文22年（1553年）、江戸城代・太田康資の長男として生まれる。生母は不明だが、康資の正室・法性院（遠山綱景の娘、北条氏康の養女）が天文11年（1542年）生まれであることを考えると、彼女の実子であるとは考え難い。黒田基樹は、駒千代の生母は父・康資の側室・太田下野守の娘であった可能性が高いと指摘している[1]。
永禄6年（1563年）末、駒千代の父・康資は北条氏から離反し里見氏の下へ走る。これがきっかけとなり、翌7年1月に下総国府台（千葉県市川市）で太田・里見連合軍と北条軍が激突（第二次国府台合戦）。結果、太田・里見方は大敗し、康資は里見氏に従って上総へ落ち延びた。
この時、駒千代は親元を離れ伊豆熱海の医王寺に滞在していた。学問を修めるためであったとされるが、実際には北条氏への人質であったと考えられる[1]。国府台合戦の結果を受け、駒千代は同年8月28日に、外大伯父（父の外伯父）の北条氏康からの討ち手によって迫られ、自決させられた。享年12。駒千代の死や、叔父の輝資にも嗣子がないことで、道灌系の江戸太田氏の血統は途絶えた見方もある（仔細は太田重正を参照）。