祭神の変更

• 愛宕権現 → 愛宕大神（あたごおおかみ）
• 秋葉権現：三尺坊大権現（さんしゃくぼう） → 火之迦具土大神（かぐつち）
• 飯縄権現（飯綱明神）：荼枳尼天（だきにてん） → 保食命（うけもち）
• 伊豆山権現（走湯権現） → 伊豆山大神（赤白二龍）
• 越知大権現 → イザナギ
• 金毘羅大権現 → 大物主
• 蔵王権現 → 安閑天皇（広国押建金日命）
• 白山権現 → 白山比咩大神（しらやまひめ）
• 立山権現 → 立山大権現雄山神、刀尾天神剱岳神
• 石鈇大権現 → 石鎚大神（石土毘古神）

なお、権現号は公式的に廃された後も、寺社あるいはその祭神を指す呼称として継続使用されることがある。

• 祇園社：（牛頭天王） → スサノオ

• 水天宮：（水天） → 天之御中主神（あめのみなかぬし）、安徳天皇、平徳子、平時子
• 熊野大社：（スサノオ） → 櫛御気野命（くしみけぬ）
• 出雲大社：（大国主 → スサノオ） → 大国主
• 神田明神：平将門は逆賊として祭神から外された。（昭和59年（1984年）祭神に復帰）

これらの祭神の変更には、もともと習合あるいは同一視されていた祇園＝スサノオ、白山権現＝白山比咩の例等もあるが、その他は古事記などから解釈し同一或いは近い神格のものに変更されている。^[要出典]また、水天は天御中主神と原初神であるという共通点から変更され、水天自体は併せて祀られる安徳天皇（水天皇）と同一視された。櫛御気野命はそのままスサノオの尊称とされる。（一部では五十猛命の異名にも使用される）