蓬萊米の玄米のみを原料とし、水と塩酸に浸漬させた後に蒸し煮する[4]。冷却した後、クモノスカビを糖化菌として39℃で50時間糖化を行う[4]。この際、先に添加した塩酸は粘度を低下させるとともにpHを調整して糖化を促進する効果がある[4][2]。続いて36℃まで温度を下げて出芽酵母を加え、7 - 12日間ほどアルコール発酵を行う[4]。この段階でアルコール度数は10.4 - 12.2%となり、これを蒸留する[4]。
常圧で単式蒸留して得られた液体を貯蔵し、連続蒸留した留出液を少量調合するとアルコール度数は22%となる[4]。ろ過した後、ビン詰めして出荷される[4]。一方、もち米を原料として2回蒸留後に0℃で1週間以上冷却する高級品も存在し、そのアルコール度数は35%となる[2]。
なお、近代以前は粳米の粉末で団子を作り、出芽酵母とカビを混ぜた白粬を加え、5 - 6日で糖化および発酵を行っていた[1]。この状態でアルコール度数は8 - 10%となり、単式蒸留器で蒸留すれば米酒が得られた[1]。
