Après ses études secondaires, Werner Thissen étudie l'économie au Collège Augustinianum de Gaesdonck (de) Cologne puis étudie la théologie et la philosophie catholique à l'université de Münster . Pendant ses études, il est un membre actif de l'Association catholique des étudiants de Münster (KV).
Le 29 juin 1966 , il est ordonné prêtre à Münster.
Par la suite, il est nommé aumônier du Collegium Johanneum, de 1969 à 1971, puis chancelier du séminaire du diocèse de Münster de 1971 à 1977. En 1974, il obtient son doctorat en théologie avec une thèse sur l'Évangile de Marc .
En 1977, il devient membre du Conseil du clergé. En 1984, il est nommé résident canon de la cathédrale Saint-Paul de Münster . En 1986, il est nommé vicaire général par Reinhard Lettmann .
Le 16 avril 1999 , le pape Jean-Paul II le nomme évêque titulaire de Scampa (de) évêque auxiliaire de Münster. Il est consacré le 24 mai 1999 par Reinhard Lettmann , assisté d'Alfons Demming et Henry Janssen . Il choisit alors comme devise : « In Christo nova creatura » (« Dans le Christ, une nouvelle création »).
En 2000, il est nommé grand officier de l'ordre équestre du Saint-Sépulcre par le cardinal Carlo Furno , Grand Maître de l'ordre, et est investi le 7 octobre 2000 par Anton Schlembach , grand prieur de la lieutenance allemande.
Le 22 novembre 2002 , il est nommé archevêque de Hambourg par le pape Jean-Paul II . L'inauguration officielle a lieu le 25 janvier 2003 .
Le 21 mars 2014 , alors qu'il vient d'atteindre ses 75 ans, sa démission est acceptée par le pape François .
Werner Thissen meurt le 15 avril 2025 à Hambourg à l’âge de 86 ans[ 1]
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