元英国軍人ノルス・シーラックは作戦失敗のショックから除隊し、世界中を放浪した末に北方の孤島ガディウォールへ連絡船で向かう。彼は船内で帰郷のため島を訪れた女子学生レイン、その友人ケイトと知り合う。レインはあらかじめ唯一の肉親である伯父のベイルに迎えを頼んでいたものの、到着したときにはベイルではなく彼女の幼馴染のポールが来ていた。ポールは島から出ていくよう彼女たちに警告したのち、いずこかへと去る。
その後、一行はレインたちの故郷へ向かうものの、怪物に襲われるなかでケイトが消息を絶つ。やっと実家にたどり着いたところ、瀕死のベイルが見つかり、彼女たちの目の前で息を引き取る。2人はケイトを探すために、島を支配するビアズレー家の当主ミレーヌのもとを訪れるが、彼女の執事ギリアムに追い出される。ミレーヌとギリアムの正体はアンブレラの幹部であり、晩餐会をえさにノルスとレインをおびき寄せ、レインを拉致する。その中でケイトが人体実験によってゾンビ化されていたことが判明し、ノルスが泣く泣く射殺する。
そして、ミレーヌはノルスをおびき寄せるべくレインを人質にとる。さらに、ミレーヌは自らの遺伝子と自作のネオ・T-ウイルスによってこさえた分身・ミレーニアをノルスにけしかける。ところがここでギリアムがミレーヌを裏切り、ミレーヌ自身も幹部の座から引きずり降ろされる。また、ギリアムは心が歪んだ人間による発明品を求めてミレーヌの人格形成に悪影響を与えていたことを明かす。そして、彼はミレーニアの制御に用いていた端末を壊し、ミレーヌの研究成果を横取りする。自暴自棄になったミレーヌはノルスの大切な人となったレインを殺そうとしてノルスの返り討ちに遭う。
ノルスたちが屋敷を出たあと、ミレーニアが現れ、一足先に屋敷を後にしていたギリアムを殺害する。実は、ミレーニアの頭脳にはミレーヌの記憶が内蔵されており、ミレーヌの死によって彼女の記憶を引き継ぐようになっていた。これによりミレーニアは暴走し、執念深くノルスたちを追いかける。
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