モンテアルトスクスはペイロサウルス科の新属としてCarvalho et al. (2007)により命名された[2]。ワニ形類の包括的系統解析を実施したAdams (2013)の系統樹によれば、モンテアルトスクスはウベラバスクスとの姉妹群とされた[4]。Adams (2013)の系統樹では、ロマスクスとペイロサウルスがこれら2属と別に2属のみの分岐群を構成しており、またハマダスクスも併せて、これら3つの分岐群が多分岐の関係にある[4]。モンテアルトスクスを含むこれら5属はノトスクス類の基盤的位置に置かれている[4]。
Pochat-Cottilloux et al. (2023)による系統解析では、モンテアルトスクスはMiadanasuchusやPatagosuchusおよびウベラバスクスと多分岐をなした[5]。またペイロサウルス科自体が多系統群として系統樹上に反映されており、Adams (2013)で近縁とされたハマダスクスとはやや遠縁になっている[5]。