余目駅

羽越本線と陸羽西線の2路線が乗り入れ、接続駅となっている。このうち羽越本線を当駅の所属線としている^[3]。陸羽西線は線路名称上は当駅が終点であるが、大半の列車が羽越本線を通して酒田駅まで乗り入れている。

羽越本線で運行されている特急「いなほ」（新潟駅 - 酒田駅・秋田駅）の全列車、臨時快速列車（観光列車）「海里」（新潟駅 - 酒田駅）が停車する。

• 1914年（大正3年）
  • 9月20日：官設鉄道（後に日本国有鉄道）酒田線が狩川駅から延伸した際の終着駅として開業^[4]。
  • 12月24日：酒田線が酒田駅まで延伸され、途中駅となる^[3]。
• 1917年（大正6年）11月1日：路線名改称に伴い、陸羽西線の駅となる。
• 1918年（大正7年）9月21日：陸羽西線当駅 - 鶴岡間が開通し、分岐点となる。
• 1924年（大正13年）4月20日：路線の改編に伴い、羽越本線と陸羽西線の駅となる。
• 1945年（昭和20年）8月10日：駅構内の貨物列車が、米艦載機の機銃十数発を受ける。
• 1964年（昭和39年）12月22日：現駅舎の使用を開始^[5]。
• 1965年（昭和40年）3月27日：跨線橋架け替えを含めた駅舎改築工事が終了し、修祓式を実施^[6]。
• 1978年（昭和53年）10月2日：ダイヤ改正に伴い、余目駅に特急「いなほ」2・5号が停車^[7]。初の特急列車停車に伴い、発車式を行う。
• 1984年（昭和59年）1月20日：貨物取扱を廃止^[3]。
• 1985年（昭和60年）3月14日：荷物扱いを廃止^[3]。
• 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化により、JR東日本の駅となる^[3][4]。
• 2003年（平成15年）4月1日：業務委託化^[8]。
• 2007年（平成19年）1月29日：JR羽越本線脱線事故を受けた突風対策として、駅構内にドップラー・レーダーを設置。
• 2016年（平成28年）11月：新たなドップラー・レーダーを海側の山形県酒田市内に設置（2017年〈平成29年〉3月27日運用開始）したことに伴い、当駅のドップラー・レーダーを撤去^[9]。
• 2022年（令和4年）5月14日：高屋道路の（仮称）高屋トンネル建設関連工事に伴い、陸羽西線ならびに同線からの羽越本線直通列車が運行休止、バス代行となる^[10]。代行バスの停留所は駅前に設置^[10][11]。
• 2024年（令和6年）10月1日：えきねっとQチケのサービスを開始^[1][12]。
• 2026年（令和8年）1月16日：陸羽西線ならびに同線からの羽越本線直通列車の運行を再開^[13]。

島式ホーム2面4線を有する地上駅である^[2]。駅舎とは跨線橋で連絡している^[2]。駅舎直結のホーム（1番線）も存在していたが、現在は柵で囲まれていて旅客用としては使われていない（線路は下り列車用の側線として現在も稼働中）。

庄内統括センター（酒田駅）管理の業務委託駅（早朝夜間駅員不在）で、JR東日本新潟シティクリエイト（JENIC）が受託している。みどりの窓口、自動券売機設置。駅舎内で「あまるめホッとホーム」 が庄内町の特産品・土産品を販売している。

なお、4番線は映画『おくりびと』のロケ現場であり、美香（広末涼子）が立っていた場所にステッカーが貼ってあった。2026年（令和8年）4月現在、当該ステッカーは撤去されている。

JR東日本によると、2024年度（令和6年度）の1日平均乗車人員は375人である^{[利用客数 1]}。

1947年度（昭和22年度）- 1970年度（昭和45年度）の一部、1987年度（昭和62年度）以降の推移は以下のとおりである。

駅前に庄内町営バスの「余目駅前」停留所、および庄内交通の「庄内町余目駅前」停留所が設置されている。

• 庄内町営バス - 余目中心部循環、立谷沢方面^[15]
• 庄内交通 - 東京方面（高速バス）^[16]

2020年（令和2年）7月31日までは庄内交通の路線バスも運行されており^[17]、バス停は「余目駅前」を名乗っていた。

東日本旅客鉄道（JR東日本）

■羽越本線

• 特急「いなほ」停車駅

■普通

西袋駅 - 余目駅 - 北余目駅

■陸羽西線（当駅 - 酒田駅間は羽越本線）

□快速「最上川」（上り）

狩川駅 ← 余目駅

□快速「最上川」（下り）

南野駅 → 余目駅 → 酒田駅

■普通

南野駅 - 余目駅 - 北余目駅