真反芻下目

最初の反芻類の化石は始新世前期に見られ、小さく、おそらく雑食で、森林に暮らしていた^[7]。中新世前期に頭骨に付属物（角）を持つ偶蹄類が最初に出現した^[7]。中新世に真反芻類は急速に多様化したが、これはこの時期の気候変化に一致しているようである^[7][8]。

アンテロープ、キリン類、プロングホーンが開けた環境に進化したが、一方でシカ類（トナカイを含む）は森林環境で進化した^[9]。真反芻類の走行タイプは生息環境と解剖学的特徴に密接に関係している。体重の軽い種は速く走る際の屈曲・伸張サスペンションの両方を使う^[9]。オジロジカとミュールジカは、主に伸張サスペンションを用いることが観察されている。これは彼らの生息環境に存在する茂みや倒木の幹を飛び越えるためである^[9]。一方で、体重の重い種は、ほとんどの場合、後足が短く、下向きに傾斜する背中を持っているため、伸張サスペンションは使用しない^[9]。

カール・リンネの『自然の体系』では畜獣類として哺乳綱の1目とされ、当時の分類ではラクダ類を含めていた^[10]。のちにラクダ類が核脚類として独立し、残りのグループが真反芻類として成立した^[11]。

真反芻下目は反芻亜目の下位の下目であり、マメジカ下目 (Tragulina) と姉妹群である。偶蹄目の中での位置関係は以下^{[12][13][14][15][16]}。

形態学的研究にはほとんどコンセンサスが存在しないため、真反芻類(およびすべての偶蹄類) 間の系統関係を決定する試みは、現在は分子研究に依存している^[3]。 真反芻下目に含まれる科については、複数の研究により有効と見做されている^{[7] pp. 4–5のソース}。

21世紀初頭、ジャコウジカ科はシカ科と姉妹群とされていた。しかし、2003年の系統学的研究（国立自然史博物館 (フランス)のAlexandre Hassaninと学生による、ミトコンドリアと核の分析）により、ジャコウジカ科とウシ科がクレードをなし、それがシカ科と姉妹関係にあることが判明した。この研究により、シカ科はウシ科＋ジャコウジカ科の系統と約2,700－2,800万年前に分岐したことも明らかになった^[17]。以下の分岐図はその研究結果をに基づく^[17]。

真反芻下目 Pecora

• Family †Gelocidae
• Family †Palaeomerycidae パレオメリックス科
• Family Cervidae シカ科
• Family Moschidae ジャコウジカ科
• Family Bovidae ウシ科
• Superfamily Giraffoidea キリン上科
  • Family Antilocapridae プロングホーン科
  • Family Giraffidae キリン科
  • Family †Climacoceratidae