ポケモンピンボールミニ

ポケモンミニと同時発売のソフトの1つ。ゲームボーイソフト『ポケモンピンボール』と一部共通したシステムが用いられているが、プレイヤーが動かす対象をフリッパーではなくキューと呼び、ボールをポケット（穴）に入れるルールなど、ピンボールにビリヤードの要素を加えたゲーム内容となっている。

基本的なルールは、キューと呼ばれるポケモンを上下させることで、ボールを弾きステージ内のすべてのポケット（穴）に入れるとクリアとなる。弾く際にCボタンを長押することでボールの威力が増したパワーショットに変化する。

クエスト

与えられた目標をこなしていくモード。ステージ数は全部で70。目標には以下の3種類がある。

タイムアタック

制限時間内に全てのポケットにボールを入れることが出来ればクリア。

スコアアタック

ポケットにボールを入れ、時間内に目標スコアを超えればクリア。

ポケモンゲット

制限時間内にポケモンにボールを当てて捕まえる事が出来ればクリア。

タイムアタック

ポケットにボールを入れる時間を競うモード。全10ステージ。

スコアアタック

クエストのスコアアタック同様に時間内にどれだけスコアを稼げるかを競うモード。全10ステージ。

オプション

設定が変更できる。

時計モード

タイトル画面でBボタンを押すと起動するモード。日付と時刻が表示される。