津奈木太郎峠や赤松太郎峠とともに三太郎峠と呼ばれ、中央構造線(臼杵八代構造線)の南端に位置する[2]。峠ごとに岩質が異なり佐敷太郎峠は砂岩や石灰岩からなる[2]。薩摩街道時代から難所の一つとして知られ[1]、あまりにも急峻であったため住民は海路を使うことも多かった[2]。
明治時代の国道整備でレンガ造りの佐敷隧道(後述)が完成し、昭和40年代の国道改築まで使われた[2]。その後のいわゆる「三太郎国道」の整備では軟弱な土質と出水に悩まされたが、1965年(昭和40年)に佐敷トンネル(1,570m)が完成した[2]。