ドクター・ドリトル2

前作のトラの手術の一件から「動物の言葉が解る医者」として認知されたジョン・ドリトルは、動物と人間の医者を掛け持ちする多忙な日々を送っていた。そんなジョンの家庭も以前とは少し変わり、次女のマヤは父親の遺伝を信じ、ひたすら愛犬のラッキーとの会話をしようと試みていた。一方で長女シャリースは父親の特殊な能力を知って以来動物嫌いになり、家族との触れ合いを一切拒絶し続けるようになった。そんなシャリースは、お得意先のピザの配達人のエリックと恋に落ちていた。それを嫌がったジョンはシャリースの誕生パーティーを自宅で開くが、シャリースはそのパーティーにエリックを招き、ジョンは彼女を子供扱いした挙句、用意したケーキがネズミの悪戯のせいで台無しになってしまい、彼女を怒らせてしまう。ジョンは仲直りするために海外旅行を提案するが、その日の夜にビーバーが訪れ、「山に来てアライグマのジョーイに会って欲しい」と依頼される。

翌朝、ジョンは山に向かいジョーイと面会し、彼から「土地開発による森林伐採から山を救ってほしい」と依頼される。ジョンは弁護士である妻リサに相談し、政府を相手に裁判を起こす。しかし、土地開発を担当する企業から相手にされず裁判は終了するが、リサは絶滅寸前で人間の手に飼われているクマのオスを野生に返し、同種の野生のクマのメスと交尾させて種を存続させることを提案し、ダフ判事は1か月間の猶予期間を与える。ジョンは早速その飼われているクマがいるサーカスを訪れるが、クマのアーチーは人間社会での生活に馴染んでしまい、野生の知識は全く持ち合わせていなかった。ジョンは無理やりアーチーを山に連れ出してメスのエヴァに会わせるが、彼女は野性味を感じさせないアーチーに全く興味を持たなかった。ジョンはアーチーを野生のクマにするため特訓するが、アーチーは期待に応えられずに山の動物たちからも見放されてしまう。一方、ジョンもリサやシャリースとの関係が上手くいかずに悩んでいた。

ジョンは二人きりの時間を作ってリサとの関係を修復し、一方のアーチーもエヴァに恋をしたため、ジョンの特訓を真剣に受けるようになり、彼女から次第に認められるようになる。これを知った開発企業の社長ジョゼフ・ポッターはジョンに取引を持ち掛けて森林伐採を進めようとするが、ジョンに取引を断られてしまう。一方、エヴァには別種のクマの恋人がいることが発覚する。「頭が悪くても頼り甲斐のあるオスの方が良い」と言われたアーチーは奮起し、何匹ものクマを死に追いやった崖の先にあるハチミツを取ろうと試み、見事成功させる。その姿を見たエヴァはアーチーをパートナーに選び、二匹はじゃれ合うが、アーチーはポッターの部下に麻酔銃を撃たれ、「町に降りて民家を襲った」として警察に捕獲されてしまう。事件が報道されると、ダフ判事は猶予の取り消しを決定する。

ジョンとリサは動物たちから真相を聞き出して裁判所に訴えるが、証人が動物だと知った裁判所は訴えを却下し、アーチーをメキシコのサーカスに引き渡すように命令する。ジョンはアーチーのいる檻に向かい彼を励ますが、そこにシャリースが現れアーチーと話し出す。シャリースは父親と同様に動物と話が出来るようになったことを語り、ジョンと和解する。ジョンはアーチーを助け出すため、山の動物たちに協力を依頼して開発企業を襲撃し、さらに呼応した競走馬やペットの動物たちも一斉にストライキを始める。慌てたポッターはジョンに連絡を取り、ジョンは動物たちと話し合うように提案する。話し合いの結果、ポッターは山の伐採を取り止め、アーチーも解放される。山に戻ったアーチーはエヴァと結ばれ、三匹の子グマを産む。