1869年(明治2年)1月13日、武蔵知県事・河瀬秀治の管轄区域をもって小菅県が設置された[1]。県名は、県庁が葛飾郡小菅村(現東京都葛飾区小菅一丁目35番1号)の旧幕府小菅御殿(旧関東郡代小菅陣屋、現東京拘置所)に置かれたことによる。東京府(第1次)との管轄区域の交換を経て、主に東京の北東郊外を管轄した。
河瀬知事の発議により、備荒貯蓄と窮民救済の機関として、七分積金に類する報恩社を組織している。
1871年(明治4年)7月14日の廃藩置県を経て、同年11月14日に第1次府県統合により東京府(第1次)および品川県と合併して東京府(第2次)となった[2]。