スタート前に雨が上がり、気温が15度に達する中で行われた。
日大・西弘美が集団から抜け出し、1時間03分42秒の区間新記録を樹立。西についていった順大・重成敏史が46秒差の区間2位で襷を繋ぐ。2年ぶりの優勝を狙う大東大・塩野一昭が3位、連覇を狙う日体大・伊藤哲二が4位、法大は3000m障害が専門の山口勝彦が5位で続いた。
順大・松元利弘が7km付近で日大・川原祐治を抜いてトップに立つが、14,5km付近では松元の後ろから来た日体大・中村孝生が首位を奪う[1]。しかし、16.5km付近ではさらに後方からスタートした法大・成田道彦がトップに立った[2][3]。また、9位で襷を受けた早大・瀬古利彦は7人抜きを達成したが、序盤のオーバーペースが響き、トップには及ばず。区間賞は成田で、瀬古は19秒差の区間2位だった。日大は最終的に6位となり、大東大・森田義三は3位から7位に、前回大会（第53回大会）4区で区間賞を獲得した東農大・山岡秀樹は区間12位にとどまり、9位に落ちた。
先頭を行く法大・山本篤志に順大・川口晴実に追いつき、並んで走る中、6位スタートの日大・森近繁則が先頭に躍り出る。森近は1時間03分45秒の区間新記録を樹立した[4]。2位に順大、3位に法大と続き、日体大は1区、2区に続いて4位で中継。早大は5位と粘り、大東大は6位に浮上した。
順大・田中登が区間賞の走りで、日大を抜いて首位に躍り出る。日体大・新宅雅也が区間2位で2位に[5]、大東大・宮地敏孝も区間3位で3位に浮上した。トップで襷を受けた日大・髙岡伸明は区間12位に沈み、4位まで後退。2区で成田の快走があった法大は佐藤勝が区間最下位に終わり、7位にまで下がった。
トップで襷を受けた順大・新原保徳は快調なペースで走り、区間賞を獲得。12年ぶりに往路優勝を達成した。日体大・北中純一は先頭との差は広げられたものの、区間2位の走りで往路は2位でフィニッシュ。大東大は3位をキープしたが、4位スタートの日大・堀一章は区間14位に沈み、7位に後退した。また、中大も8位から11位に順位を下げた。一方で拓大・中村貢と駒大・大越正禅がそれぞれ区間4位、区間4位で走り、ともに3つ順位を上げてフィニッシュした。
3日の未明に箱根山中に積雪25cmの大雪が降り、除雪車と凍結防止剤でコースを整備した。湿気の影響で2位の日体大と8時11分の12校一斉スタートのピストルが不発に終わるという珍事があった。また、大雪に伴う新幹線ダイヤの乱れにより、日大の7区・小川聡が午前8時半に小田原中継所で行われる30分前点呼に遅れるというハプニングもあった。東京からタクシーを乗り継いで移動していた小川が到着したのは、たすきリレーの20分前だった[6]。
順大・酒匂真次は区間4位と堅実に走るが、日体大・坂本亘が区間賞の走りで2分57秒差から1分51秒に詰め寄る[7]。大東大・森下好美は3位をキープ。一斉スタート組では東農大・高橋幸宏が区間2位でトップ、続いて日大・諏訪祐三が区間3位で走った。駒大は楠康夫が区間14位に沈みシード権外の10位に下がり、代わって中大が9位に浮上した。足が滑らないように注意して走ったために、本来の走りができなかった選手もいた[8]。
日体大・小澤信一は順大・高瀬文敏を追い上げ、7区スタート時にあった1分51秒の差を47秒差にまで縮める。3位の大東大・吉元政昭が区間賞を獲得したが、2位の日体大とは6分38秒とまだ大きな差があり、3位は変わらず。スタート前にハプニングのあった日大・小川聡は区間3位で6位から5位に浮上。早大は甲斐鉄朗が区間13位と失速し、6位に後退した。シード権争いは駒大が9位に上がり、シード権内に復帰した一方で拓大は区間14位に沈み、8位から12位に後退した・
日体大・坂本充は7km地点の湘南遊歩道で順大・木下亨を逆転してトップに立つと、逆に2分01秒差をつけて襷リレー[9]。6区を走った双子の兄・坂本亘に続いて区間賞を獲得した。木下は区間4位であったが、優勝からは遠のく結果となった。前回大会の1区でブレーキとなった大東大・法村昌三は区間2位で走り、東農大・蜂須賀明が区間3位の記録でそれぞれ3位、4位をキープ。駒大は橋本康司が区間15位に沈み、9位から14位まで後退し、代わって東洋大・宮本典和がシード権内の9位に浮上した。
トップで襷を受けた日体大・斗高克敏は前回に続いて9区の区間賞を獲得し、2位との差は2分51秒差に広げる。順大・竹島克己も区間2位で走るが、差は広がった。1位から8位までのチームでは順位変動がなかったが、シード権争いは今度は東海大・関根唯夫が東洋大を抑えて9位に浮上し、東洋大は再び10位に後退した。
先頭を走る日体大・照井典勝は快調なペースで後続を突き放し、勢いよくゴールテープに飛び込む。照井は区間賞を獲得し、日体大は復路・総合の新記録で2年連続で優勝を飾った。往路優勝の順大は復路は5位にとどまり、5分27秒差の2位でフィニッシュ。3位から5位は大東大、東農大、日大でそれぞれ10年、6年、23年連続でシード権を獲得。早大は瀬古の活躍で6位に入り、10年ぶりにシード権を獲得し[10]、法大は成田の活躍で9年ぶりのシード権となる8位に入った。東洋大が10区で再び9位に浮上し、シード権の最後の1枠に滑り込んだ。
