- 1928年、中華民国南京市政府が南京の玄武湖公園の梁洲で「動物苑」を設置した。当初は公園の一部として開園。アカゲザル、ウサギ、オシドリなどが飼育されていた。[2]
- 1937年-1945年、「動物苑」は旧日本軍によって破壊された。
- 1947年7月、中華民国南京市政府が『南京市動植物園設置準備委員会組織章程』を制定し、設置準備委員会を設立した。[2]
- 1948年6月8日、中華民国南京市政府により動物園設置草案が採択されたが、解放戦争（国共内戦）の戦局の悪化のため、施工が行われてない状態で建設計画を放棄された。[2]
- 1954年1月、玄武湖公園の菱洲で、前身であった玄武湖動物園の建設が完成された。その年の5月18日、開園。[3]
- 1955年-1980年、数回の拡充や改修によって猿山、水族館、小獣館、鰐池、猛獣館、鳴禽館、熊山、パンダ館、キリン館、チンパンジー館、和平亭が完成された。
- 1979年、メルボルン動物園との交流を開始。アカカンガルーなどのオーストラリアの固有種が来園。
- 1987年1月28日、江蘇省の提携州県であるオーストラリアのビクトリア州から贈られた友好の証として、ウォンバットが来園。その後、国内で初めてウォンバットの繁殖に成功する。
- 1993年、包頭と錦州からアザラシ、オオヤマネコ、アジアノロバが来園。
- 1994年、玄武湖動物園と紅山公園との合併計画が発足。
- 1995年、紅山公園での動物園関連施設の建設が開始。
- 1998年8月、紅山公園での動物園関連施設の建設が完成。
- 1998年8月15日-9月18日、玄武湖動物園から紅山公園までの動物の移転が完成。
- 1998年9月1日、玄武湖動物園が閉園。
- 1998年9月28日、紅山公園へ移転され、開園。正式名称を「南京市紅山森林動物園」と改称され、現在に至っている。[3]
- 1999年
5月27日、オランウータンの「楽申」が誕生。国内で初めてオランウータンの繁殖に成功する。
8月、鳥類生態園がオープン。
- 2004年5月1日、大紅山にある「大壮観閣」の復元工事が完成。
- 2008年4月、パンダ館が完成。
- 2009年、動物飼育展示施設のデザインについての国際的交流を開始。
- 2009年10月、Golden Bird Foundation ChinaのCEOであったCarin Harringtonによるデザインの指導を受けた上で、建設されたオーストラリアエリアがオープン。
- 2010年、狼谷がオープン。
- 2011年、園内での動物たちによるショーやパフォーメンスを廃止。サイチョウ館が完成。江蘇省野生動物救助センターが建設された。
- 2012年、ロバート・ボッシュからの資金援助を受け、象館の改造が完成。
- 2013年、ミーアキャット館が完成。猿の山の改造が完成。
- 2014年、園内の餌の販売を中止すると共に、客による無断な餌やりを徹底的に禁止する。
- 2015年7月、南門新区を含む大規模な拡大・改造計画が発足。
- 2016年、キバノロの森が完成。
- 2017年9月、パンダ館の改造が完成。
- 2018年
2月10日、コアラの雄「梧桐（ウートン）」と雌「茉莉（モーリー）」が来園。
3月15日、コアラ館がオープン。
8月、コアラ「レモン」が誕生。
10月15日、アジアの霊長類館がオープン。
- 2019年6月5日、オランウータンの「楽申」の逸走事故が発生。麻酔を実施した後、「楽申」は麻酔合併症による肺水腫が発症し、死亡した。
1月24日、新型コロナウイルス感染症の影響ため臨時休園。
3月15日、運営再開。
10月、中国のネコ科動物がオープン。新たな狼谷がオープン。
1月、新たな熊館、虎館がオープン。
6月27日、「中国のネコ科動物」のデザインは中国大陸で初めてズーレックス(ZooLex)に収録された。
10月1日、世界のネコ科動物と本土保育区がオープン。
- 2022年10月1日、高黎貢とゴンドワナ大陸がオープン。
- 2024年2月28日、コアラ「金橘」が死亡。
- 2025年
1月14日、コアラ「茉莉（モーリー）」が死亡。
2月9日、４頭の雄のニシゴリラが来園。
10月18日、南門新区と唐家河がオープン。
