埋蔵文化財センター

各都道府県や市町村などの地方自治体による直営、または外郭団体による委託によって運営される場合が多い。また、ほとんどの自治体で、教育委員会の文化財所管課が管理している。

名称は、自治体や組織形態、研究分野の範囲などによって様々で、「（県・市町村）埋蔵文化財センター」「（県・市町村）埋蔵文化財調査センター」「（県・市町村）文化財センター」などの揺れが見られるほか、「（県・市町村）埋蔵文化財センター」の次に愛称が付くものなどもある（例：八戸市埋蔵文化財センター 是川縄文館など）。

• 北海道立埋蔵文化財センター
• 札幌市埋蔵文化財センター
• 釧路市埋蔵文化財調査センター^[1]

• 青森県埋蔵文化財調査センター^[2]
• 八戸市埋蔵文化財センター 是川縄文館
• 田舎館村埋蔵文化財センター^[3]

• 山形県埋蔵文化財センター

• 栃木県埋蔵文化財調査センター^[4]

• 所沢市立埋蔵文化財調査センター^[5]

• 千葉県教育振興財団文化財センター^[6]
• 千葉市埋蔵文化財調査センター^[7]
• 市原市埋蔵文化財調査センター^[8]
• 鴨川市郷土資料館・文化財センター^[9]
• 芝山町立芝山古墳・はにわ博物館^[10]

• 東京都埋蔵文化財センター

• 神奈川県埋蔵文化財センター
• かながわ考古学財団^[11]
• 横浜市埋蔵文化財センター

• 新潟県埋蔵文化財センター
• 新潟市文化財センター

• 富山県埋蔵文化財センター（富山市）
• 朝日町埋蔵文化財保存活用施設 まいぶんKAN（朝日町）
• 入善町郷土資料室（入善町）
• 魚津歴史民俗博物館（魚津市）
• 弓の里歴史文化館（上市町）
• 町歴史交流ステーション日なた（2021年4月1日移設オープン）^[12]（立山町）
• 富山市埋蔵文化財センター（富山市）
• 富山市考古資料館（富山市）
• 射水市埋蔵文化財整理室・考古資料展示室（射水市）
• 高岡市埋蔵文化財センター（高岡市）
• 福岡歴史民俗資料館（高岡市）
• 氷見市文化財センター・氷見市立博物館（氷見市）
• 小矢部ふるさと歴史館（小矢部市）
• 桜町JOMONパーク 出土品展示棟（小矢部市） - 桜町遺跡内
• 砺波市埋蔵文化財センター（砺波市）
• 南砺市埋蔵文化財センター（南砺市） - 国史跡 高瀬遺跡史跡公園内

• 石川県埋蔵文化財センター^[13]
• 金沢市埋蔵文化財収蔵庫^[14]
• 小松市埋蔵文化財センター^[15]
• 野々市市ふるさと歴史館（旧称 野々市町埋蔵文化財収蔵庫）^[16]

• 福井県教育庁埋蔵文化財調査センター^[17]
• 福井市文化財保護センター^[18]
• 小浜市埋蔵文化財調査センター^[19]

• 山梨県埋蔵文化財センター^[20]

• 長野県埋蔵文化財センター
• 長野市埋蔵文化財センター^[21]

• 岐阜県文化財保護センター
• 高山市風土記の丘学習センター^[22]
• 多治見市文化財保護センター
• 関市文化財保護センター
• 各務原市埋蔵文化財調査センター
• 大野町埋蔵文化財センター

• 静岡県埋蔵文化財センター
• 静岡市埋蔵文化財センター
• 菊川市埋蔵文化財センター「どきどき」
• 磐田市埋蔵文化財センター
• 掛川市埋蔵文化財センター

• 愛知県埋蔵文化財調査センター^[23]
• 豊橋市文化財センター^[24]
• 公益財団法人瀬戸市文化振興財団埋蔵文化財センター
• 安城市埋蔵文化財センター^[25]

• 三重県埋蔵文化財センター^[26]

• 大津市埋蔵文化財調査センター^[27]
• 長浜市文化財保護センター^[28]
• 滋賀県埋蔵文化財センター^[29]

• 高槻市立埋蔵文化財調査センター
• 古代史博物館・泉南市埋蔵文化財センター

• 神戸市埋蔵文化財センター
• 姫路市埋蔵文化財センター
• 朝来市埋蔵文化財センター 「古代あさご館」^[30]
• たつの市立埋蔵文化財センター^[31]

• 奈良県立橿原考古学研究所^[32]
• 奈良市埋蔵文化財調査センター^[33]

• 島根県埋蔵文化財調査センター^[34]

• 岡山県古代吉備文化財センター^[35]
• 岡山市埋蔵文化財センター^[36]
• 岡山大学埋蔵文化財調査研究センター^[37]

• 徳島県立埋蔵文化財総合センター「レキシルとくしま」

• 高知県立埋蔵文化財センター