明科駅

• 1902年（明治35年）6月15日：官設鉄道（のちの日本国有鉄道）篠ノ井線・西条 - 松本間の開通と同時に開業^[3]。旅客・貨物の取り扱いを開始^[1]。
• 1947年（昭和22年）10月13日：昭和天皇の戦後巡幸。長野駅発、当駅駅着のお召し列車が運行^[4]。
• 1964年（昭和39年）5月14日：昭和天皇、香淳皇后が第15回全国植樹祭開催に合わせて県内を行幸啓。お召し列車が発着^[5]。
• 1982年（昭和57年）10月31日：貨物の取り扱いを廃止^[6]。
• 1984年（昭和59年）2月1日：荷物の扱いを廃止^[1]。
• 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化により、JR東日本の駅となる^[1]。
• 1988年（昭和63年）9月10日：西条 - 当駅間のルートが変更。
• 2016年（平成28年）
  • 4月30日：みどりの窓口の営業を終了^[7] 。
  • 6月1日：業務委託化。同時に西条 - 冠着間各駅の管理業務を松本駅に移管。
• 2022年（令和4年）度末：駅舎のリニューアル工事が完了し、新駅舎の供用を開始^{[報道 1]}。
• 2023年（令和5年）10月28日：駅前広場の改修工事が完了し、竣工式を挙行^[8]。
• 2025年（令和7年）
  • 2月：篠ノ井線の駅番号にSN 08を設定^{[報道 2]}。
  • 3月15日：ICカード「Suica」の利用が可能となる^{[報道 3][報道 4]}。東京近郊区間に編入される^{[報道 3]}。ワンマン列車において全てのドアから乗降が可能となる^[9]。

単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを有する地上駅である。互いのホームは跨線橋で連絡している。留置線を有する。

ステーションビルMIDORIが駅業務を受託する松本駅管理の業務委託駅である^[2]。指定席券売機^[10]と簡易Suica改札機（入場機・出場機）^{[報道 3]}が設置されている。

駅周辺では3,000羽以上のカラスが夜間ねぐらとしている。鳥害対策のため、2008年（平成20年）2月には下りホーム北側に罠を試験的に設置していた^{[新聞 1]}。

番線	路線	方向	行先	備考
1	篠ノ井線	下り	篠ノ井・長野方面[10]
2				待避・始発列車
		上り	松本・塩尻方面[10]
3

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  改札口（2023年12月）
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  待合室（2023年12月）
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  ホーム（2021年7月）
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  建替え前の駅舎（2021年7月）
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  建替え前の改札口（2021年7月）
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  リニューアル前の駅舎（2007年8月）

JR東日本によると、2024年度（令和6年度）の1日平均乗車人員は816人である^{[利用客数 1]}。

2000年度（平成12年度）以降の推移は以下のとおりである。

1日平均乗車人員（2005年度以降、単位：人/日）

駅前は1985年（昭和60年）から5年かけて整備され、ロータリーや駅の東西を結ぶ歩行者通路が新設された^[11]。その後、2019年（令和元年）から2023年（令和5年）にかけて明科駅前広場整備工事が行われた^[11]。

「明科駅前」停留所にて発着する。路線バスの乗降場所は駅東側にある。かつては、バスのりばは生坂村営バス以外が駅前広場の歩道橋前で、生坂村営バスのみ乗り場は旧アヤメシティ（現在閉業、のちに解体）前だったりと別々だった。しかし、駅前広場が2023年（令和5年）10月28日に改修され^[8]、バス乗り場が現在の歩道橋前に集約された。

東日本旅客鉄道（JR東日本）

篠ノ井線

• 特急「しなの」一部停車駅

□快速

田沢駅 (SN 07) - 明科駅 (SN 08) - 西条駅 (SN 09)* - 坂北駅 (SN 10)* - 聖高原駅 (SN 11)

*:一部の快速列車は、西条駅および坂北駅を通過する。

■普通（「みすず」含む）

田沢駅 (SN 07) - 明科駅 (SN 08) - 西条駅 (SN 09)

1988年（昭和63年）までは、当駅 - 西条駅間に潮沢信号場が存在した。