慶長12年（1607年）3月17日、丹後国主・京極高知の3男として丹後田辺城で生まれる。慶長16年（1611年）、京都二条城で大御所の徳川家康と、江戸幕府2代将軍・徳川秀忠に拝謁した。
元和8年（1622年）に父が死去すると、その所領は高知の息子2人と婿養子の高通で分割相続されることとなり、高三は加佐郡3万5000石を相続し、田辺藩（舞鶴藩）の初代藩主となった。寛永13年（1636年）9月13日に死去した。享年30。跡を長男の高直が継いだ。その後、京極家は孫高盛の代で豊岡に転封となったが、娘婿にあたる牧野富成の子孫が田辺藩を継承した。
