Jリーグ所属クラブの下部組織チーム一覧

第1種 (18歳以上の男子) においては、Jリーグ規約第40条第3項に「第1項第1号から第6号までの試合^{[注 1]} は、クラブにおける最高水準の競技力を保持するチーム（以下「トップチーム」という）に限り参加できるものとする。」という記述がある^[2] のみで、トップチーム以外のチームの編成を行うかどうかについては各クラブに任されている。一部のクラブではトップチームとは別にチームを設立し、Jリーグ以外のリーグに所属して活動するクラブもある。

第1種の選手が所属する下部組織には、大きく分けて、トップチームでプレーする選手を育成する性格を有するチームと、トップチームのプロ化に伴いトップチームへ参加しなかったアマチュア資格の選手の受け皿となったチームの2通りがある。

トップチーム強化

選手育成を目的としたチームとしては、ジェフ市原（当時）が、ホームタウンであった市原市内所在の社会人サッカークラブ『市原スポーツクラブ』（1995年発足）を、2000年にジェフの育成普及部所属の傘下クラブとし^[4]、2002年にクラブ名を『ジェフユナイテッド市原アマチュア』に変更して下部組織チームである事を明確化^[4] したのが最初である。その後、ザスパ草津（当時）^[5] と徳島ヴォルティス^[6] が2005年に、ファジアーノ岡山FC^[7] が2009年にそれぞれ純然たる新チームとしてセカンドチームを立ち上げた。また、愛媛FC^[8] も既存チームを傘下に収めて育成組織として活動していたが、2012年に提携を解消している。

アマチュア選手の受け皿

アマチュアの受け皿としてのチームは、浦和レッズGM（当時）の横山謙三が1997年に設立した『浦和レッドダイヤモンズアマチュア』が最初で、2004年にはSC鳥取（ガイナーレ鳥取の前身）がOBを中心としたアマチュアチーム『SC鳥取ドリームス』を設立、2006年にはFC岐阜がぎふ清流国体に向けたアマチュア選手育成を兼ねた組織として『FC岐阜SECOND』を設立した。

当初はこれらセカンドチームとトップとで選手の昇降格は容易であったが、2010年の規定改定により昇降格は2チーム間の移籍として扱われ年2回の登録ウインドー時でしか認められなくなったことなど制約が入るようになった^[9][10]。のち2013年から若手の出場機会を増やすため育成型期限付き移籍制度が導入され、18歳から23歳までの選手に限れば登録ウインドーの制約なく移籍が可能となったため^[11]、セカンドチームとの昇降格は年齢制限はあるが元に戻った形となった。

また、Jリーグでは2009年以後、Jサテライトリーグが廃止され、若手選手の出場機会が減っていることを受けて、2014年・2015年にJ3リーグに参加したJリーグ・アンダー22選抜（J2リーグ以上に加盟しているチームに登録する22歳以下の選手を対象とする選抜軍）とは別に、2016年よりFC東京・ガンバ大阪・セレッソ大阪の3クラブのセカンドチームがJ3リーグに参加する^[12]。また、同年よりJサテライトリーグも復活しJ1から9クラブが参加する。2018年から2年間はJサテライトリーグをリニューアルする形での新たな育成策として「Jリーグ育成マッチデー」が開催された。2021年からは「Jエリートリーグ」が誕生し、14クラブ（北海道コンサドーレ札幌、水戸ホーリーホック、浦和レッズ、横浜F・マリノス、清水エスパルス、名古屋グランパス、ガイナーレ鳥取、ファジアーノ岡山、徳島ヴォルティス、愛媛FC、アビスパ福岡、V・ファーレン長崎、鹿児島ユナイテッドFC、FC琉球）が参加し、3グループに分けて総当たり2回戦制で対戦が組まれる。

1. ↑ 「LUXPERIOR FOOTBALL ACADEMY」として発足、「栃木シティLFAユナイテッド」を経て2021年より現チーム名。
2. ↑ 「ザスパ草津チャレンジャーチーム」として発足、「ザスパ草津U-23」を経て2013年より現チーム名。
3. ↑ 活動は2019シーズンまで、2020年シーズン参加辞退を申し出、2020年6月5日のJリーグ理事会で参加辞退が承認された^[13]。
4. ↑ 神奈川県サッカー協会への登録名称は「NPO横浜スポーツ＆カルチャークラブ セカンド」である^[14]。
5. ↑ アルビレックス新潟と関連の深いNSGグループの運営する専門学校のサッカー部であるが、「サッカー専攻科」(CUPS) において同校の学生だけでなくアルビレックスから選手を預かって活動を行っていることを明らかにしている^[15]。
6. ↑ 2011年に愛媛FC傘下から離脱し、FC今治として独立し、現存。

1981年、読売サッカークラブ (東京Vの前身) により読売サッカークラブ女子・ベレーザが設立された。同クラブは1989年の日本女子サッカーリーグ設立に参加し、2011年現在に至るまで一貫して同リーグで活動しているクラブのひとつである。

1986年、ヤマハ発動機サッカー部 (ジュビロ磐田の前身) が女子選手向けのサッカースクールを設立、後このスクールはクラブチーム化しジュビロ磐田レディースとなった^[23]。ジュビロ磐田はまた、本田技研工業フットボールクラブ（Honda FC）が2005年に女子チームを廃止した際、Hondaよりクラブを移管され自らの下部組織チームヤマハジュビロレディースとした。ジュビロ磐田レディースが小学生から高校生までを対象とし、ヤマハジュビロレディースが社会人を対象とする。

1992年にはジェフユナイテッド市原レディースが設立され^[24]、2000年に日本女子サッカーリーグに参入。2002年にはアルビレックス新潟レディースが、2005年にはさいたまレイナスFCを浦和レッドダイヤモンズが傘下とし浦和レッドダイヤモンズ・レディースが誕生した。ジェフユナイテッド市原は後に、トップチームからレディースサッカー (主として30歳以上の女性を対象とするサッカー) 部門が分離、レディースサッカー部門はジェフユナイテッド市原ミセスとなった^[24]。

2000年代以降の新規設立は、年齢制限のあるクラブの設立が増えており、2009年のザスパクサツ群馬レディース（旧称：ザスパ草津レディース）、2007年の栃木SCブランカ (県内の女子サッカークラブ、ブランカフットボールクラブの吸収合併)、2010年のセレッソ大阪レディースU-15が18歳以下の選手を対象としている。

FC東京と東京ヴェルディの2クラブはバレーボールチームを保有している。FC東京バレーボールチームは、サッカーチーム同様東京ガスの社内活動チームとしてスタートし、2003年4月、現在の組織に移行した^[31]。東京ヴェルディバレーボールチームは、2001年に東京教員バレーボールクラブを改組・結成して誕生した。独立採算制度を採っており、トップチームとの経済的なつながりはない^[32]。

モンテディオ山形を2013年まで運営していた山形県スポーツ振興21世紀協会は1999年、スポーツ山形21 女子駅伝を設立した。所属選手は単独で大会に出場する他、駅伝大会にはチームで出場している。また皇后盃全国都道府県対抗女子駅伝競走大会には所属選手が山形県代表チームに参加する形で出場しており、2004年度の第22回大会では総合4位の成績を修めた^[33]。

東京ヴェルディは2003年、トライアスロン部門である東京ヴェルディトライアスロンセッションを設立した^[34]。

1. ↑ J1リーグ戦、J2リーグ戦、リーグカップ戦、J1昇格プレーオフ、J2・J3入れ替え戦、スーパーカップを指す。