第18回日本フットボールリーグ

第18回JFLの参加クラブは下表の通りである（記載は前年シーズンの成績上位順）^[3]。Jリーグクラブライセンスについては2015年9月24日承認時点のもの^[4]。

前シーズン後に鹿児島ユナイテッドFCがJ3リーグ入会により退会、SP京都FCが脱退した一方、第39回全国地域サッカーリーグ決勝大会で優勝したラインメール青森FCと準優勝のブリオベッカ浦安が入会し、合計16クラブで開幕する。

チーム名（正式名称）	監督	都道府県	主なホームゲーム会場	前年度成績	Jライセンス	備考
ソニー仙台FC （ソニー仙台フットボールクラブ）		宮城県	ユアテックスタジアム仙台 みやぎ生協めぐみ野サッカー場	JFL 優勝	-
ヴァンラーレ八戸 （ヴァンラーレ八戸フットボールクラブ）		青森県	ダイハツスタジアム 八戸市東陸上競技場 五戸町ひばり野公園陸上競技場	JFL 準優勝	（未承認）
Honda FC （本田技研工業株式会社フットボールクラブ）		静岡県	ホンダ都田サッカー場	JFL 3位	-
アスルクラロ沼津		静岡県	愛鷹広域公園多目的競技場	JFL 5位	J3
奈良クラブ		奈良県	ならでんフィールド	JFL 7位	J3
FC大阪		大阪府	キンチョウスタジアム ヤンマーフィールド長居	JFL 8位	-
ホンダロックSC （株式会社ホンダロック サッカー部）		宮崎県	宮崎市生目の杜運動公園陸上競技場	JFL 9位	-
ヴェルスパ大分		大分県	だいぎんサッカー・ラグビー場	JFL 10位	-
MIOびわこ滋賀		滋賀県	東近江市布引グリーンスタジアム	JFL 11位	-	Jリーグ百年構想クラブ入会継続審議中[5]
東京武蔵野シティFC （東京武蔵野シティフットボールクラブ）		東京都	武蔵野市立武蔵野陸上競技場	JFL 12位	（未承認）	「横河武蔵野フットボールクラブ」から名称変更[6]
FCマルヤス岡崎 （マルヤス工業株式会社フットボールクラブ）		愛知県	名古屋市港サッカー場	JFL 13位	-
流経大ドラゴンズ龍ケ崎 （流通経済大学ドラゴンズ龍ケ崎）		茨城県	龍ケ崎市陸上競技場たつのこフィールド	JFL 14位	-
ファジアーノ岡山ネクスト		岡山県	シティライトスタジアム	JFL 15位	-
栃木ウーヴァFC （栃木ウーヴァフットボールクラブ）		栃木県	栃木市総合運動公園陸上競技場	JFL 16位	（未申請）
ラインメール青森FC （ラインメール青森FC）		青森県	新青森県総合運動公園球技場 青森県総合運動公園陸上競技場	東北1部 2位	-	昇格（第39回地域決勝 優勝）
ブリオベッカ浦安		千葉県	柏の葉公園総合競技場	関東1部 優勝	-	昇格（第39回地域決勝 準優勝）

色付のチームは2016年シーズン開幕時において

•   はJリーグ百年構想クラブ認定クラブ
•   はJリーグ百年構想クラブを申請中・または継続審議中のクラブ
• Jライセンス=2015年秋季に認定された審査結果を記載（鶯色で着色したクラブ限定）

1月15日にレギュレーションが発表された^[7]。

前年と同様の「1回戦総当たり×2ステージ制（通年ではホーム・アンド・アウェーのまま）」で行われる。

前半の15節を「ファーストステージ」、後半の15節を「セカンドステージ」とし、両ステージの勝者同士でホーム・アンド・アウェーによる「チャンピオンシップ」（年間チャンピオン決定戦）を開催する。チャンピオンシップ進出チームは通年の成績にかかわらず年間順位の1位または2位となり、3位以下は年間の全試合の成績により決定する。なお、ファーストステージ・セカンドステージを同じチームが制した場合はチャンピオンシップを行わない（この場合、2位以下を年間の全試合の成績により決定する）^{[注 1]}。

天皇杯への出場枠

第96回天皇杯では第64回全日本大学サッカー選手権大会を優勝した関西学院大学がアマチュア枠のシードチームとなったため、JFLチームには天皇杯シード権は与えられない^[8][9]。

• ファーストステージ：3月6日 - 6月5日
• セカンドステージ：6月18日 - 11月13日
• チャンピオンシップ
  • 第1戦：11月26日または27日
  • 第2戦：12月3日または4日

なお当年度の開催節数は年間の通しではなく前期・後期それぞれのステージ別に表示する。したがって、後期の15節分は従前の通年表記では第16-30節に相当する。

• 1月15日 - 第18回日本フットボールリーグの大会方式、参加クラブ、各クラブのホーム開幕戦の日時と対戦カードが発表された^[3][7][10]。
• 2月19日 - 全日程が発表された^[11]。
• 6月5日 - ファーストステージの全日程が終了し、流経大ドラゴンズ龍ケ崎のステージ1位が決定^[12][13]。
• 6月24日 - ファジアーノ岡山ネクストがシーズン終了後にチームの活動終了及びJFLからの退会を発表^[14]。
• 7月25日 - ファジアーノ岡山ネクストのシーズン終了後のJFL退会が、理事会により可決承認された^[15]。
• 10月9日 - 「JFLフェスタin帯広」を開催（詳細後述）。
• 11月13日 - セカンドステージの全日程が終了し、Honda FCのステージ1位及びアスルクラロ沼津の年間3位入賞により成績面でのJ3リーグ加盟条件となる「JFL年間順位4位以内」および「Jリーグ百年構想クラブのうち上位2クラブ」が確定^[16]。
• 11月16日 - Jリーグ理事会で、アスルクラロ沼津のJ3入会が承認^[1]。
• 12月4日 - チャンピオンシップでHonda FCが流経大ドラゴンズ龍ケ崎を2戦合計3-2で下し、2年ぶり6回目のリーグ優勝が決定^[17]。
• 12月7日 - この日行われたJFL理事会で、全国地域サッカーチャンピオンズリーグ2016優勝のFC今治、準優勝のヴィアティン三重のJFL入会が承認された^[18]。

Summarize Timeline Top Qs Fact Check

開催期間：3月6日 - 6月5日

順	チーム	試	勝	分	敗	得	失	差	点	出場権または降格
1	流経大ドラゴンズ龍ケ崎 (Q)	15	11	2	2	30	14	+16	35	チャンピオンシップに出場
2	FC大阪	15	10	2	3	28	14	+14	32
3	アスルクラロ沼津	15	9	2	4	21	11	+10	29
4	ホンダロックSC	15	7	5	3	18	10	+8	26
5	ヴァンラーレ八戸	15	7	4	4	19	10	+9	25
6	Honda FC	15	7	4	4	21	16	+5	25
7	ソニー仙台FC	15	6	5	4	24	15	+9	23
8	MIOびわこ滋賀	15	7	1	7	19	23	−4	22
9	ブリオベッカ浦安	15	6	1	8	19	22	−3	19
10	東京武蔵野シティFC	15	5	4	6	10	14	−4	19
11	ラインメール青森	15	4	5	6	15	17	−2	17
12	FCマルヤス岡崎	15	5	2	8	10	15	−5	17
13	ヴェルスパ大分	15	3	7	5	13	18	−5	16
14	奈良クラブ	15	3	5	7	17	25	−8	14
15	栃木ウーヴァFC	15	3	1	11	19	42	−23	10
16	ファジアーノ岡山ネクスト	15	2	0	13	10	27	−17	6

最終更新は2016年6月5日の試合終了時
出典: 第18回日本フットボールリーグ(2016) ステージ順位表
順位の決定基準: 1.勝点 2.得失点差 3.総得点 4.当該チーム間の対戦成績（勝点、得失点差、総得点数の順に比較）5.勝利数 6.反則ポイント 7.順位決定戦（必要な場合のみ）.

チーム　/ 節（1st）	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15
流経大ドラゴンズ龍ケ崎	8	5	9	7	4	4	4	2	2	2	2	2	2	1	1
FC大阪	3	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	2
アスルクラロ沼津	4	3	2	2	2	3	3	5	5	3	3	3	3	3	3
ホンダロックSC	4	7	5	6	8	5	6	6	6	6	8	5	4	4	4
ヴァンラーレ八戸	8	4	3	3	3	2	2	3	4	5	6	7	6	5	5
Honda FC	6	5	4	5	9	7	7	8	7	8	7	8	7	6	6
ソニー仙台FC	1	8	7	8	6	6	5	4	3	4	5	4	5	7	7
MIOびわこ滋賀	2	2	5	4	5	8	8	7	9	9	9	9	9	10	8
ブリオベッカ浦安	13	13	13	11	12	11	9	9	8	7	4	6	8	8	9
東京武蔵野シティFC	10	9	11	13	14	12	11	10	10	10	10	11	11	9	10
ラインメール青森	6	11	8	9	7	9	10	11	13	11	11	10	10	12	11
FCマルヤス岡崎	13	15	16	12	11	13	14	12	14	14	15	13	12	11	12
ヴェルスパ大分	10	9	10	10	10	10	12	13	11	12	12	14	14	13	13
奈良クラブ	16	12	12	14	14	14	15	15	15	15	13	12	13	14	14
栃木ウーヴァFC	12	16	15	16	13	15	13	14	12	13	14	15	15	15	15
ファジアーノ岡山ネクスト	15	14	14	15	16	16	16	16	16	16	16	16	16	16	16

最終更新: 2016年6月5日
出典: 第18回日本フットボールリーグ(2016) ステージ順位表

	1stステージ首位・チャンピオンシップ出場
	※参考：1st/2nd 両ステージ通算4位以上・J3加盟基準合格
	※参考：1st/2nd 両ステージ通算下位2クラブは地域リーグに降格

ホーム / アウェー[1]

SON

VAN

HON

AZU

NAR

OSA

LOC

VRS

MIO

TMC

MAR

RKU

FAN

UVA

REI

BRI

ソニー仙台FC

0–0

1–2

0–0

5–1

1–0

0–0

ヴァンラーレ八戸

0–1

0–0

1–2

1–0

3–0

0–1

4–2

Honda FC

1–1

1–0

2–0

1–0

1–2

2–0

2–2

アスルクラロ沼津

2–2

3–0

1–0

0–1

1–1

4–2

1–0

1–0

奈良クラブ

0–0

2–2

0–2

1–1

1–2

3–0

4–2

FC大阪

4–3

2–1

2–2

2–0

4–0

1–2

2–1

2–0

ホンダロックSC

1–0

0–1

2–0

1–1

1–0

0–0

2–0

2–1

ヴェルスパ大分

0–3

1–1

1–1

1–1

0–0

0–2

3–2

0–0

MIOびわこ滋賀

0–2

2–1

2–0

1–0

0–1

1–0

2–3

東京武蔵野シティFC

0–1

1–0

1–1

0–1

0–1

0–1

1–1

FCマルヤス岡崎

1–0

0–1

3–0

0–2

0–1

2–0

1–1

流経大ドラゴンズ龍ケ崎

2–1

1–1

2–1

1–2

1–0

2–1

5–2

2–0

2–1

ファジアーノ岡山ネクスト

1–3

0–1

0–1

1–2

1–2

0–1

0–3

2–3

0–1

栃木ウーヴァFC

2–4

1–4

3–2

1–4

0–4

1–4

0–1

0–5

0–3

ラインメール青森

3–3

1–1

2–0

0–1

1–2

ブリオベッカ浦安

0–1

0–1

2–1

1–2

3–2

1–0

1–3

0–2

最終更新は2016年6月5日の試合終了時
出典: 第18回 日本フットボールリーグ(2016) 試合日程・結果(ファーストステージ)
¹左縦列のチームがホーム側。
色: 青 = ホームチームが勝ち; 黄 = 引き分け; 赤 = アウェーチームが勝利。

開催期間：6月18日 - 11月13日

順	チーム	試	勝	分	敗	得	失	差	点	出場権または降格
1	Honda FC (Q)	15	11	3	1	31	13	+18	36	チャンピオンシップに出場
2	ソニー仙台FC	15	11	1	3	32	12	+20	34
3	ホンダロックSC	15	10	3	2	28	13	+15	33
4	アスルクラロ沼津	15	9	3	3	26	13	+13	30
5	ラインメール青森	15	9	1	5	20	16	+4	28
6	FC大阪	15	8	2	5	24	17	+7	26
7	奈良クラブ	15	7	2	6	24	23	+1	23
8	ヴァンラーレ八戸	15	6	3	6	15	17	−2	21
9	流経大ドラゴンズ龍ケ崎	15	5	4	6	23	24	−1	19
10	MIOびわこ滋賀	15	4	6	5	19	22	−3	18
11	ブリオベッカ浦安	15	5	2	8	20	25	−5	17
12	東京武蔵野シティFC	15	4	4	7	19	24	−5	16
13	ヴェルスパ大分	15	3	6	6	17	24	−7	15
14	FCマルヤス岡崎	15	2	7	6	13	23	−10	13
15	栃木ウーヴァFC	15	2	0	13	15	35	−20	6
16	ファジアーノ岡山ネクスト	15	0	1	14	9	34	−25	1

最終更新は2016年11月13日の試合終了時
出典: 第18回日本フットボールリーグ(2016) ステージ順位表
順位の決定基準: 1.勝点 2.得失点差 3.総得点 4.当該チーム間の対戦成績（勝点、得失点差、総得点数の順に比較）5.勝利数 6.反則ポイント 7.順位決定戦（必要な場合のみ）.

チーム　/ 節（2nd）	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15
Honda FC	3	1	2	2	2	2	2	2	2	2	1	2	1	1	1
ソニー仙台FC	11	14	12	15	12	8	6	5	5	4	4	4	3	2	2
ホンダロックSC	9	5	10	9	11	13	4	4	4	3	3	3	2	3	3
アスルクラロ沼津	7	10	7	3	4	3	3	3	3	5	5	5	5	5	4
ラインメール青森	6	1	1	1	1	1	1	1	1	1	2	1	4	4	5
FC大阪	14	8	9	10	6	9	7	7	6	7	6	6	6	6	6
奈良クラブ	11	9	5	7	10	6	9	11	9	6	9	9	8	7	7
ヴァンラーレ八戸	9	12	13	13	8	10	11	8	11	9	10	10	11	9	8
流経大ドラゴンズ龍ケ崎	1	4	6	4	3	4	5	6	8	11	8	8	7	8	9
MIOびわこ滋賀	7	11	14	12	14	14	14	14	14	14	13	11	12	12	10
ブリオベッカ浦安	15	15	11	11	13	11	12	13	10	8	7	7	9	10	11
東京武蔵野シティFC	2	3	3	5	7	5	8	9	12	12	12	13	13	11	12
ヴェルスパ大分	3	7	8	8	9	12	13	10	7	10	11	12	10	13	13
FCマルヤス岡崎	3	6	4	6	5	7	10	12	13	13	14	14	14	14	14
栃木ウーヴァFC	16	16	16	14	15	15	15	15	15	15	15	15	15	15	15
ファジアーノ岡山ネクスト	11	13	15	16	16	16	16	16	16	16	16	16	16	15	16

最終更新: 2016年11月13日
出典: 第18回日本フットボールリーグ(2016) ステージ順位表

2ndステージ首位・チャンピオンシップ出場

ホーム / アウェー[1]

SON

VAN

HON

AZU

NAR

OSA

LOC

VRS

MIO

TMC

MAR

RKU

FAN

UVA

REI

BRI

ソニー仙台FC

3–0

1–0

1–1

1–2

6–0

2–0

2–0

3–1

2–1

ヴァンラーレ八戸

1–0

0–0

1–1

0–2

0–1

2–1

3–1

2–1

Honda FC

1–2

2–1

4–1

1–1

2–1

2–1

2–1

1–2

アスルクラロ沼津

0–1

0–1

2–0

3–3

0–1

3–1

4–0

奈良クラブ

0–2

1–0

0–3

2–2

2–2

2–3

0–1

2–0

FC大阪

3–0

1–4

0–1

4–0

1–0

0–0

4–2

ホンダロックSC

4–1

1–3

3–2

0–0

3–2

2–0

2–0

ヴェルスパ大分

1–2

1–1

2–3

0–1

1–0

0–0

1–1

MIOびわこ滋賀

0–2

0–3

1–3

1–1

0–0

1–2

3–1

3–2

東京武蔵野シティFC

1–3

3–3

2–5

0–1

4–2

1–0

0–2

1–2

FCマルヤス岡崎

1–1

1–1

1–1

0–0

0–0

3–3

0–2

0–1

流経大ドラゴンズ龍ケ崎

1–4

0–1

2–2

3–0

3–1

4–2

ファジアーノ岡山ネクスト

0–1

1–2

0–1

2–2

1–2

0–2

栃木ウーヴァFC

2–3

0–2

0–3

1–2

4–0

1–4

ラインメール青森

0–3

1–0

0–4

0–1

1–0

0–3

3–0

0–2

3–0

0–0

ブリオベッカ浦安

3–1

0–1

1–3

3–1

0–2

3–2

2–0

最終更新は2016年11月13日の試合終了時
出典: 第18回 日本フットボールリーグ(2016) 試合日程・結果(セカンドステージ)
¹左縦列のチームがホーム側。
色: 青 = ホームチームが勝ち; 黄 = 引き分け; 赤 = アウェーチームが勝利。

順	チーム	試	勝	分	敗	得	失	差	点	昇格または降格
1	Honda FC (C)	30	18	7	5	52	29	+23	61 ||CS優勝、セカンドステージ1位
2	流経大ドラゴンズ龍ケ崎	30	16	6	8	53	38	+15	54 ||CS敗退、ファーストステージ1位
3	アスルクラロ沼津 (P)	30	18	5	7	47	24	+23	59	J3リーグ 2017[1]へ昇格 1
4	ホンダロックSC	30	17	8	5	46	23	+23	59
5	FC大阪	30	18	4	8	52	31	+21	58
6	ソニー仙台FC	30	17	6	7	56	27	+29	57
7	ヴァンラーレ八戸	30	13	7	10	34	27	+7	46
8	ラインメール青森	30	13	6	11	35	33	+2	45
9	MIOびわこ滋賀	30	11	7	12	38	45	−7	40
10	奈良クラブ	30	10	7	13	41	48	−7	37
11	ブリオベッカ浦安	30	11	3	16	39	47	−8	36
12	東京武蔵野シティFC	30	9	8	13	29	38	−9	35
13	ヴェルスパ大分	30	6	13	11	30	42	−12	31
14	FCマルヤス岡崎	30	7	9	14	23	38	−15	30
15	栃木ウーヴァFC	30	5	1	24	34	77	−43	16
16	ファジアーノ岡山ネクスト (R)	30	2	1	27	19	61	−42	7 ||退会[15]

最終更新は2016年12月4日の試合終了時
出典: 第18回日本フットボールリーグ(2016) 年間通算順位表
順位の決定基準: 1.勝点 2.得失点差 3.総得点 4.当該チーム間の対戦成績（勝点、得失点差、総得点数の順に比較）5.勝利数 6.反則ポイント 7.順位決定戦（必要な場合のみ）
※ただし、年間順位の1位と2位はチャンピオンシップの結果に基づいて決定される.
¹ J3への加盟については、「J3スタジアム要件」、「J3ライセンス基準」に関する審査および入会審査に合格したうえで、JFLでの年間順位が4位以内、かつ、JFLに属するJリーグ百年構想クラブのうち上位2クラブに入っていることが条件となる^[19]。
² シーズン開始当初は、J3入会チーム数が1チームの場合はJFL16位チームのみ自動降格で、2チームの場合は自動降格チームは無しとなっていたが^[20]、2016年シーズン限りでのファジアーノ岡山ネクストのJFL退会が正式決定されたことを受けて、地域リーグへの降格は、ファジアーノ岡山ネクストを除いた最下位チームのみ自動降格するように変更された^[15]。

チーム　/ 節（2nd）	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	CS
Honda FC	4	4	4	4	4	3	3	2	3	1	1	3	2	1	1	1
流経大ドラゴンズ龍ケ崎	1	1	1	1	1	1	1	1	2	3	3	4	3	6	6	2
アスルクラロ沼津	3	3	3	2	3	2	2	3	1	2	2	5	4	3	2	3
ホンダロックSC	5	5	5	5	7	7	5	5	5	5	5	2	1	2	3	4
FC大阪	2	2	2	3	2	4	4	4	4	4	4	1	5	4	4	5
ソニー仙台FC	7	8	9	10	8	8	7	7	6	6	6	6	6	5	5	6
ヴァンラーレ八戸	6	6	6	6	6	6	8	8	8	8	8	8	8	8	7	7
ラインメール青森	10	9	7	7	5	5	6	6	7	7	7	7	7	7	8	8
MIOびわこ滋賀	8	10	11	9	10	10	10	10	11	11	11	11	10	9	9	9
奈良クラブ	14	14	14	14	14	13	14	14	14	13	12	12	11	12	10	10
ブリオベッカ浦安	13	13	12	12	12	11	11	11	9	9	9	9	9	10	11	11
東京武蔵野シティFC	9	7	8	8	9	9	9	9	10	10	10	10	12	11	12	12
ヴェルスパ大分	12	12	13	13	13	14	13	12	12	12	13	13	13	13	13	13
FCマルヤス岡崎	11	11	10	11	11	12	12	13	13	14	14	14	14	14	14	14
栃木ウーヴァFC	15	15	15	15	15	15	15	15	15	15	15	15	15	15	15	15
ファジアーノ岡山ネクスト	16	16	16	16	16	16	16	16	16	16	16	16	16	16	16	16

最終更新: 2016年12月4日
出典: 第18回日本フットボールリーグ(2016) 年間通算順位表

• ファーストステージの年間順位の推移はファーストステージ順位推移表と同一のため省略。
• CSはチャンピオンシップの結果を受けての年間順位の変動を示す。

	年間1位
	年間2位
	1st/2nd 両ステージ通算4位以上・J3加盟基準合格
	1st/2nd 両ステージ通算下位2クラブは地域リーグに降格

レギュレーションが2016年11月17日に発表された^[21]。

• 第1戦はファーストステージ1位、第2戦はセカンドステージ1位のホームゲームとする。
• 1試合は90分（前後半各45分）とする。第1戦は延長戦を実施しない。
• 以下の順序で勝者を決め、勝者が第17回JFLの優勝、敗者が第17回JFLの準優勝となる。
  1. 2試合終了時点で勝利数の多いチーム
  2. 2試合合計の得失点差
  3. 以上で決着のつかない場合に、2試合目終了後に30分（前後半各15分）の延長戦を実施し、その勝者
  4. 延長戦でも決着が付かない場合はPK戦（各チーム5人、6人目以降サドンデス方式）の勝者

なお、アウェーゴール方式はJFLチャンピオンシップでは採用しない。

2016年11月13日に日程が発表された^[22]。

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この結果、2戦1勝1分・通算スコア3 - 2としたHonda FCのリーグ優勝が決定した。

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順位	選手	所属	得点
得点王	川西誠	FC大阪	21
2	有間潤	ソニー仙台FC	19
3	竹中公基	ブリオベッカ浦安	17
4	茂平	奈良クラブ	15
5	薗田卓馬	アスルクラロ沼津	12
T6	内野裕太	ソニー仙台FC	11
	坂本一輝	MIOびわこ滋賀
	久保賢悟	MIOびわこ滋賀
	内山俊彦	栃木ウーヴァFC
T10	村上聖弥	ヴァンラーレ八戸	10
	古橋達弥	Honda FC
	横地貴徳	流経大ドラゴンズ龍ケ崎

最終更新は2016年11月13日の試合終了時
出典: 第18回日本フットボールリーグ(2016) 得点ランキング

2016年12月7日に個人表彰が発表された^[23]。

Pos	選手名	所属
最優秀監督	井幡博康	Honda FC
GK	清水谷侑樹
DF	鈴木雄也
DF	尾崎瑛一郎	アスルクラロ沼津
DF	肝付将臣	ホンダロックSC
DF	荻原健太	ソニー仙台FC
MF・MVP	栗本広輝	Honda FC
MF	瀬田貴仁	ソニー仙台FC
MF・新人王	茂平	奈良クラブ
FW・得点王	川西誠	FC大阪
FW	有間潤	ソニー仙台FC
FW	竹中公基	ブリオベッカ浦安

• 優秀レフェリー賞：渡辺康太
• フェアプレー賞：ヴェルスパ大分
• 敢闘賞：田中龍志郎（流経大ドラゴンズ龍ケ崎）

JFL
選手	所属	節	対戦相手	試合結果	日付	出典
有間潤	ソニー仙台FC	1st 2節	栃木ウーヴァFC	4 - 2 (A)	3月20日	[24]
坂本一輝	MIOびわこ滋賀	1st 13節		4 - 1 (A)	5月22日	[25]
肝付将臣	ホンダロックSC	1st 15節		4 - 0 (A)	6月5日	[26]
川西誠	FC大阪	2nd 11節	ヴェルスパ大分	4 - 0 (H)	10月16日	[27]

Note: (H) – ホーム (A) – アウェイ

順	チーム	合計	最多	最小	平均	推移
1	アスルクラロ沼津	34,975	6,874	848	2,332	0.060964513193813+6.0%†
2	ヴァンラーレ八戸	26,317	5,028	792	1,754	0.80082135523614+80.0%†
3	奈良クラブ	22,620	2,620	1,140	1,508	-0.82993946064942−17.0%†
4	FC大阪	13,446	1,416	511	896	0.29479768786127+29.4%†
5	東京武蔵野シティFC	12,789	1,653	302	853	0.04406364749082+4.4%†
6	Honda FC	11,908	1,517	438	794	-0.74136321195145−25.8%†
7	ソニー仙台FC	10,963	4,675	278	731	0.3689138576779+36.8%†
8	ラインメール青森	10,564	1,518	350	704	2.0742358078603+207.4%†
9	MIOびわこ滋賀	10,195	1,810	253	680	-0.76062639821029−23.9%†
10	ヴェルスパ大分	7,324	928	206	488	0–†
11	ブリオベッカ浦安	7,217	952	211	481	n/a†
12	栃木ウーヴァFC	6,025	1,043	151	402	-0.88157894736842−11.8%†
13	流経大ドラゴンズ龍ケ崎	5,813	851	193	388	0.063013698630137+6.3%†
14	FCマルヤス岡崎	5,733	634	243	382	0.10404624277457+10.4%†
15	ホンダロックSC	5,576	741	178	372	0.044943820224719+4.4%†
16	ファジアーノ岡山ネクスト	4,653	517	158	310	0.0032362459546926+0.3%†
	リーグ合計	196,118	6,874	151	817	−8.6%†

最終更新：2016年11月13日
出典: ファーストステージ, セカンドステージ
註記：
^† 前シーズンは地域リーグ。

J3への加盟については、「J3スタジアム要件」「J3クラブライセンス基準」に関する審査および入会審査に合格したうえで、JFLでの年間順位が4位以内、かつ、JFLに属するJリーグ百年構想クラブのうち上位2クラブに入っていることが条件となる^[19]。なお、2016年度のJFLに参加する百年構想クラブは、八戸・沼津・奈良・武蔵野・栃木Uの5クラブである^[28]。このうち栃木Uを除く八戸・沼津・奈良・武蔵野4クラブがJ3クラブライセンスの申請を行い、同年9月24日に公表された新規J3昇格を希望するクラブに対してのJ3ライセンス審査^[29] で、4クラブに対してライセンスの交付判定が行われた。武蔵野については本拠地として申請した武蔵野市立武蔵野陸上競技場がJ3スタジアム要件を満たさないとの理由でライセンス不交付との判定となりJ3加盟は見送りとなったが、そのほかの3クラブについてはJ3ライセンスの交付が認められた。

その後、2016年11月13日に行われたセカンドステージ第15節で沼津の「年間順位4位以内」（年間3位）が確定し、2016年11月16日のJリーグ理事会で沼津のJリーグ入会が正式に承認^[1] された。

地域リーグからの昇格は、JFLへの入会を希望し、入会条件を満たすチームの中から全国地域サッカーチャンピオンズリーグ2016の成績上位2チームが自動昇格し、JFL15位、16位チームが地域リーグに自動降格する。なお上述の条件でJ3入会（=JFL退会）となるチームがある場合、1チームの場合はJFL16位チームのみ自動降格、2チームの場合は自動降格チームは無しとなる^[20]。

2016年6月24日付でファジアーノ岡山ネクストから2016年シーズン限りでの「退会届」が提出され、2016年7月25日に開催された理事会にて正式決定されたことを受けて、地域リーグへの降格は、ファジアーノ岡山ネクストを除いた最下位チームのみ自動降格（ただし、J3入会となるチームが1チーム以上ある場合は降格チームはなし）するように変更され^[15]。その後、年間3位のアスルクラロ沼津のJ3入会が承認された^[1] ため、JFLからの自動降格チームはなしに再変更、自動昇格枠は全国地域サッカーチャンピオンズリーグ2016の成績上位2チームのみに決定した^[20]。11月に開催された同大会で優勝したFC今治と準優勝のヴィアティン三重のJFL入会が2016年12月に承認された^[18]。

2016年10月9日に、帯広の森陸上競技場（北海道帯広市）にて「JFLフェスタin帯広」が開催された^[30]。

JFL通算出場数の多い選手や長年に渡りサッカー界で活躍した選手等で編成される「JFLレジェンド」と北海道サッカーリーグ所属の十勝フェアスカイFCの試合、及びJFLに所属する16チームを東西8チームずつに分けて、各チームより2名ずつを選抜してチームを編成した「JFL EAST」と「JFL WEST」の試合が行われた。JFL18年の歴史の中で「東西対抗戦」は初の試みであった^[31]。

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