山口組の二次団体であった水心会の構成員が2007年に伊藤一長長崎市長を射殺（→長崎市長射殺事件）。この事件を受けて山口組は同年内に水心会会長の水田元久を除籍処分とし、水心会を山口組から追放した[3]。すると水心会で若頭の役にあった幹部構成員が、同年のうちに水心会構成員らをほぼそのまま引き継ぐ形で新たな団体を結成。これが清田会の起こりであった[2]。
その結成からしばらくの間は福岡市内に本部を構える山口組系伊豆組の傘下となっていた[2]ものの、2008年に山口組の直系組織（二次団体）となった。伊豆組からの内部昇格であった[4]。
