2001年1月6日、中央省庁再編により各府省に副大臣が新設された。中央省庁再編にともない、防衛庁は内閣府の外局とされたが、大臣庁であったため副大臣と同等の副長官が設置された。なお、中央省庁再編後、大臣庁は防衛庁だけとなった。そのため、内閣官房などにも副長官と呼称される官職は存在するが、副大臣と同等の職として大臣庁に置かれた副長官は、防衛庁副長官のみであった。また、認証官の一つであり、その任免にあたっては天皇からの認証を必要とした。2007年1月9日、防衛庁が防衛省に改組されたため、防衛庁副長官は廃止され、防衛副大臣が新設された。
