アイヌ語に由来する。
江戸時代後期のアイヌ語通詞であった上原熊次郎は「ペカンペウシとは沼菱の生ずといふ事」と記しており、「ペカンペウㇱイ(pekanpe-us-i)」(ヒシ・多い・ところ)に由来するのではないかと考えられている[2][3]。
このほか、永田方正は「ペカンペ・クシ(水上を行く)。菱を取らんと欲し此処に来りしが菱は絶えて無し。徒に水上を行きしを以て名くと[2]」と自身の著作で述べているが、これについて山田秀三は上原の解が原型で、後年ヒシが無くなった等により、usをkus(行く)に読み替えて説話を作ったのではないかと考えている[2][3]。