久大本線

久留米駅 - 日田駅間

普通列車は基本的に久留米駅発着だが、朝には鹿児島本線の鳥栖発着の列車が上下各1本設定されている（下り列車は2022年9月23日ダイヤ改正から）。久留米駅に車両留置線がないため鳥栖駅まで回送されて留置され、久留米駅から営業運転に入る列車もある。この場合鳥栖駅 - 久留米駅間は回送扱いとなる。これらの鹿児島本線直通列車は久留米駅では久大本線専用の2番線には構造上入線できない^[12]。久留米駅 - 善導寺駅・筑後吉井駅・うきは駅間の区間運転列車も設定されており、久留米駅 - 善導寺駅・筑後吉井駅・うきは駅間は1時間に1 - 2本^{[注釈 2]}、うきは駅 - 日田駅間は1時間に1本程度運行されている。

なお、夜明駅 - 日田駅間では平成29年7月九州北部豪雨で被災した日田彦山線をBRTによる運行とした日田彦山線BRTも利用可能であり、久大本線と日田彦山線BRTを合わせて1時間2 - 3本の運行本数となる。

ワンマン運転の場合、久留米駅 - 善導寺駅間においては、駅員配置の有無に関係なく車内精算を行わない（都市型ワンマン運転）。なお、この区間はSUGOCAでの運賃支払いができる。

日田駅 - 由布院駅間

大きく分けると久留米駅・日田駅 - 豊後森駅・由布院駅間の列車と、日田駅 - 由布院駅・大分駅間の列車が多いが、豊後森駅 - 由布院駅・大分駅間の列車もの設定がある。この区間の本数は少なく4 - 5時間ほど運行されない時間帯がある。

日田駅 - 天ケ瀬駅間の区間列車も設定されていたが^{[13][注釈 3]}、2008年3月15日のダイヤ改正時には廃止されている^[14]。

由布院駅 - 大分駅間

この区間は1時間に1本、由布院駅 - 大分駅間直通と、向之原駅 - 大分駅間の区間運転列車を交互に運行するダイヤをベースとして、朝に庄内駅・豊後国分駅 - 大分駅間、夕方以降に庄内駅・向之原駅 - 大分駅間の区間運転列車を1-2時間に1本追加で設定し、合わせて1時間に1本 - 2本の列車が運行されている。また、豊後森駅・日田駅 - 大分駅間を直通する列車も運行されている^[15]。

ワンマン運転の場合、向之原駅 - 大分駅間では駅員配置の有無に関係なく車内精算を行わない（都市型ワンマン運転）。なお、この区間はSUGOCAでの運賃支払いができる。

2015年3月14日のダイヤ改正からは亀川発向之原行きとして日豊本線からの直通列車が設定されたが^[16]、2018年3月17日のダイヤ改正で再び廃止されている^[15]。

大湯線（大分駅 - 天ケ瀬駅間）

• 1915年（大正4年）10月30日：大湯鉄道が大分市駅 - 小野屋駅間を開業。大分市駅・古国府停留場・永興停留場・賀来駅・平横瀬停留場・向之原駅・鬼瀬停留場・櫟木停留場・小野屋駅が開業^[34][35][36]。
• 1918年（大正7年）2月1日：森ノ木停留場が開業^[36][37]。
• 1922年（大正11年）12月1日：大湯鉄道が買収・国有化され、大分駅 - 小野屋駅間が大湯線となる^[36][38]。大分市駅が大分駅に併合されて廃止、古国府停留場・森ノ木停留場・平横瀬停留場・鬼瀬停留場・櫟木停留場が廃止^[36]。
• 1923年（大正12年）9月29日：小野屋駅 - 湯平駅間が延伸開業^[35]。天神山駅・庄内駅・湯平駅が開業^[36][39]。
• 1925年（大正14年）
  • 2月3日：鬼瀬駅が新設^[36]。
  • 7月29日：湯平駅 - 北由布駅間が延伸開業^[35][40]。南由布駅・北由布駅が開業^[36]。
  • 12月1日：永興駅が南大分駅に改称^[36][41]。
• 1926年（大正15年）11月26日：北由布駅 - 野矢駅間が延伸開業^[35][42]。野矢駅が開業^[36]。
• 1928年（昭和3年）10月28日：野矢駅 - 豊後中村駅間が延伸開業^[35][43]。豊後中村駅が開業^[36]。
• 1929年（昭和4年）12月15日：豊後中村駅 - 豊後森駅間が延伸開業^[35][44]、引治駅・恵良駅・豊後森駅が開業^[36]。
• 1930年（昭和5年）4月6日：鬼瀬駅 - 小野屋駅間で、後進牽引（ボイラー側を客車に向けて牽引）を行った機関車のボイラーが破裂。煙室扉から大量の高熱蒸気が客車内に吹き込み、23名が死亡する事故（久大線機関車ボイラー破損事故）が発生^[24][45][46]。
• 1932年（昭和7年）9月16日：豊後森駅 - 北山田駅間が延伸開業^[35][47]。北山田駅が開業^[36]。
• 1933年（昭和8年）9月29日：北山田駅 - 天ケ瀬駅間が延伸開業し^[35][30]、天ケ瀬駅が開業^[36]。
• 1934年（昭和9年）11月15日：久大線に編入^[48][49]。

久大線→久大本線

• 1928年（昭和3年）12月24日：久大線として久留米駅 - 筑後吉井駅間が開業^[35][33]。南久留米駅・御井駅・善導寺駅・筑後草野駅・田主丸駅・筑後吉井駅が開業^[36]。
• 1931年（昭和6年）7月11日：筑後吉井駅 - 筑後大石駅間が延伸開業^[35][50]。筑後千足駅・筑後大石駅が開業^[36]。
• 1932年（昭和7年）3月12日：筑後大石駅 - 夜明駅間が延伸開業し^[35][51]、夜明駅が開業^[36]。
• 1934年（昭和9年）
  • 3月3日：夜明駅 - 日田駅間が延伸開業し^[35][52]、日田駅が開業^[36]。
  • 6月25日：光岡駅が開業^[36][53]。
  • 11月15日：日田駅 - 天ケ瀬駅間が延伸開業^{[35][48][54][55]}。豊後三芳駅・豊後中川駅が開業^[36]。大湯線（大分駅 - 天ケ瀬駅間）を久大線に編入^[48][49]。
• 1937年（昭和12年）6月27日：宮原線の開業により久大線が久大本線となる^[56]。
• 1950年（昭和25年）1月1日：北由布駅が由布院駅に改称^[36][57]。
• 1953年（昭和28年）6月26日：昭和28年西日本水害により壊滅的な被害を受け運休、8月8日復旧。
• 1957年（昭和32年）3月15日：杉河内駅が開業^[36]。
• 1970年（昭和45年）：久大本線での蒸気機関車の運用が廃止され無煙化^[58]。
• 1984年（昭和59年）
  • 1月20日：天ケ瀬駅 - 大分駅間に列車集中制御装置 (CTC) を導入^[59]。
  • 2月15日：久留米駅 - 豊後三芳駅間にCTCを導入^[59][60]。
• 1987年（昭和62年）4月1日：全線の貨物営業が廃止、国鉄分割民営化により九州旅客鉄道が承継^[61]。
• 1988年（昭和63年）
  • 3月13日：古国府駅が開業^[36]。
  • 3月15日：路線愛称を「ゆふ高原線」とすることが発表される^[1]。
• 1989年（平成元年）3月11日：豊後国分駅が開業^[36]。
• 1990年（平成2年）5月1日：筑後千足駅がうきは駅に改称^[36]。
• 1992年（平成4年）
  • 4月1日：ワンマン運転開始^[62]。
  • 7月15日：最高速度を95km/hに引き上げ^[63]。
• 1993年（平成5年）
  • 9月3日：台風13号により運転を見合わせる^[64]。その後、久留米駅 - 日田駅間で運転を再開する。
  • 9月9日：日田駅 - 野矢駅間が運転再開^[65]。
  • 10月1日：第七由布川鉄橋の復旧作業中に石垣が崩れ、作業員2人が生き埋めとなり死亡する事故が発生^[66][67]。
  • 10月7日：野矢駅 - 由布院駅間が復旧し、特急「ゆふいんの森」が博多駅 - 由布院駅間で運行を再開する^[68]。
  • 10月31日：由布院駅 - 庄内駅間が運転再開（全線復旧）^[64]。
• 1999年（平成11年）
  • 2月22日 23時55分ごろ : 大分発由布院行きの列車が、南由布駅 - 湯平駅間の津々良トンネル内で線路上に落下していたコンクリート塊に乗り上げ脱線する事故が発生^[69]。
  • 9月9日：9が重なるこの日、九重町で開催されるイベントに合わせて大分駅 - 豊後中村駅間で臨時列車「999号」が運行される^[4]。
  • 12月4日：DE10形ディーゼル機関車と12系による客車列車の運行が終了。「さようならDE10」のヘッドマークを付けて運行された^[4]。
• 2000年（平成12年）3月11日：久留米大学前駅が開業^[36]。
• 2006年（平成18年）3月18日：久留米駅 - 善道寺駅間、向之原駅 - 大分駅間のワンマン列車における車内精算（乗車時に整理券を取って、降車時に運賃等とともに運転士に渡す）を取りやめる（都市型ワンマン運転に変更）。
• 2008年（平成20年）8月24日：大分駅の久大本線部分の高架化が完成し、大分駅から古国府駅手前の古国府トンネルまでの線路を高架に切り替え^[70][71]。
• 2009年（平成21年）3月14日：久留米高校前駅が開業^[36]。
• 2012年（平成24年）
  • 7月14日^[72]：筑後吉井駅 - 日田駅間が平成24年7月九州北部豪雨により路盤流失・隈上川橋梁の橋脚沈下などの被害を受け、久留米駅 - 日田駅間が不通となる^[72][73][74]。
  • 7月15日：久留米駅 - 筑後吉井駅間で夕方から運行再開^[72]。
  • 7月16日：筑後吉井駅 - うきは駅間で一部の普通列車を運行再開^[72][73][75]。特急「ゆふ」「ゆふいんの森」は日田駅 - 別府駅間の運行に変更^[76]。筑後吉井駅 - 日田駅間でバス代行輸送開始^[75]。
  • 7月27日：夜明駅 - 日田駅間で日田彦山線列車のみ運行再開（久大本線列車は運休のまま）^[72][74][77]。
  • 8月25日：うきは駅 - 夜明駅間で普通列車のみ運行再開、久留米駅 - 大分駅間全線復旧^[78]。特急「ゆふ」「ゆふいんの森」は8月28日より通常運転再開^[76][79][80]。
  • 10月：久留米駅 - 豊後三芳駅間の運行指令業務を田川伊田指令から大分指令に移管^[81]。
  • 12月1日：久留米駅 - 善導寺駅間、向之原駅 - 大分駅間がSUGOCA利用可能エリアとなる。
• 2014年（平成26年）2月13日：天ヶ瀬駅 - 杉河内駅間で、日田発豊後森行き下り列車が倒木を発見したがブレーキが間に合わずに脱線^[82]。乗客1人けが。
• 2016年（平成28年）12月22日：スマートフォンアプリ「JR九州アプリ」内の列車位置情報システム「どれどれ」運用開始により、リアルタイムで列車位置情報が配信開始^[5]。
• 2017年（平成29年）
  • 7月5日：平成29年7月九州北部豪雨により、光岡駅 - 日田駅間の花月川に架かる鉄橋が流失。善導寺駅 - 日田駅間、由布院駅 - 向之原駅間で終日運転見合わせ^[83][84]。
  • 7月6日：日田駅 - 由布院駅間も始発から運転見合わせになるも、9時3分に日田駅 - 向之原駅間で運転再開^[83]。夕方には善導寺駅 - うきは駅間で運転再開^[85]。
  • 7月10日：筑後吉井駅・うきは駅 - 日田駅間でバス代行輸送を開始^[84]。
  • 7月18日：うきは駅 - 光岡駅間で本数を減らし運転再開。光岡駅 - 日田駅間は引き続きバス代行輸送^[86][87]。
• 2018年（平成30年）7月14日：花月川橋梁が架け替えられ、全線復旧^[88][89][90]。
• 2019年（令和元年）7月9日：久大本線無煙化以降、初となる蒸気機関車の運転が実施される^[58]。団体貸切列車「SL湯けむり号」として8620形蒸気機関車+50系客車3両+DE10形ディーゼル機関車の編成で日田駅→別府駅間を走行。
• 2020年（令和2年）
  • 7月6日：令和2年7月豪雨の影響で、久留米駅 - 由布院駅間で運転見合わせ^[91]。
  • 7月7日：令和2年7月豪雨の影響で、由布院駅 - 庄内駅間で運転見合わせ^[91]。豊後中村駅 - 野矢駅間の第二野上川橋梁が流失^[91][92]。
  • 7月8日：令和2年7月豪雨の影響で、庄内駅 - 大分駅間で運転見合わせ^[91]。久留米駅 - 日田駅間で運転再開^[91]。
  • 7月9日：向之原駅 - 大分駅間で運転再開^[93]。
  • 8月8日：日田駅 - 豊後森駅間で運転再開^[94]。
  • 8月29日：庄内駅 - 向之原駅間で運転再開^[95]。
• 2021年（令和3年）
  • 2月13日：由布院駅 - 庄内駅間で運転再開^[96][97]。
  • 3月1日：豊後森駅 - 由布院駅間で運転再開^[96]。
  • 8月12日：令和3年8月の大雨の影響で、日田駅 - 由布院駅間で運転見合わせ。翌13日に杉河内駅 - 北山田駅間の第十玖珠川橋りょうで軌道変状が発見される^{[98][99][100]}。
  • 8月18日：豊後森駅 - 由布院駅間で運転再開^{[98][99][100]}。
  • 9月17日：日田駅 - 豊後森駅間で運転再開^[99][100]。
• 2023年（令和5年）
  • 7月1日：大雨のため、豊後森駅 - 由布院駅間で運転見合わせ^[101]。同区間で線路の被害が20カ所発生^[102]。
  • 7月10日：大雨のため、善導寺駅 - 日田駅間で運転見合わせ^[101]。
  • 7月20日：善導寺駅 - 日田駅間、豊後森駅 - 由布院駅間が運転再開^[101]。
  • 8月28日：当線に直通していたものの、2017年7月の豪雨で被災した日田彦山線がBRTで復旧し、当線並行区間を含む添田駅 - 日田駅間で日田彦山線BRT（BRTひこぼしライン）として運行を開始。
  • 10月1日：JR九州サービスサポートへの業務委託を終了し、久留米大学前駅、筑後吉井駅、豊後森駅、向之原駅がJR九州直営駅となる。