日本のフェリー会社一覧

商船三井グループ

• 商船三井さんふらわあ（旧：商船三井フェリー）
• 名門大洋フェリー

SHKライングループ

• 新日本海フェリー
• 阪九フェリー
• 東京九州フェリー

その他

• 太平洋フェリー
• オーシャントランス（旧:オーシャン東九フェリー）
• 宮崎カーフェリー
• マリックスライン
• マルエーフェリー

☆印は国道海上区間を受け持つ航路がある船舶会社

◎印は総トン数1千トン以上の船舶を保有する船舶会社

• ハートランドフェリー（旧東日本海フェリー）◎
• 羽幌沿海フェリー

• 川崎近海汽船（シルバーフェリー）◎
• 津軽海峡フェリー（旧道南自動車フェリー）☆◎
• 青函フェリー◎

• むつ湾フェリー（旧：下北汽船）
• 大島汽船
• 網地島ライン

• 東京湾フェリー◎

• 佐渡汽船☆◎
• 粟島汽船

• 神新汽船：フェリーあぜりあ 下田〜伊豆諸島
• 富士山清水港クルーズ◎
• 伊勢湾フェリー☆◎
• 名鉄海上観光船
• 西尾市営渡船

• 南海フェリー◎

• 四国開発フェリー（四国オレンジフェリー）◎
• ジャンボフェリー◎
• 四国フェリーグループ
  • 小豆島フェリー☆◎ 国際両備フェリー（新岡山港～土庄港）との共同運航航路あり。
  • 小豆島豊島フェリー
• 両備グループ
  • 国際両備フェリー◎ ※四国フェリー（新岡山港～土庄港）との共同運航航路あり。
• 四国汽船◎
• 雌雄島海運
• JR西日本宮島フェリー（JR宮島航路）
• 宮島松大汽船
• 芸予汽船
• 日鮮海運グループ
  • 協和汽船（今治港－下田水港）
• 石崎汽船グループ
  • 石崎汽船
  • 中島汽船
• 瀬戸内海汽船グループ
  • 瀬戸内海汽船
  • 防予フェリー
  • 山陽商船
  • 周防大島 松山フェリー☆（旧・岩国松山高速：2007年6月1日会社名変更）
  • 安芸津フェリー
• 大崎汽船
• 三光汽船
• 土生商船
• 大三島フェリー
• 大三島ブルーライン

• 隠岐汽船☆◎

• スオーナダフェリー（周防灘フェリー）

• 宇和島運輸〈宇和島運輸フェリー〉◎
• 九四オレンジフェリー◎
• 国道九四フェリー☆
• 松山・小倉フェリー

• 九州郵船☆◎
• 島原鉄道（島鉄フェリー、島鉄高速船）☆
• 有明フェリー☆
• 熊本フェリー◎
• 九州商船グループ
  • 九州商船☆◎
  • 甑島商船
• 野母商船◎
• 三和商船☆
• 鹿児島市船舶局（桜島フェリー）☆◎
• いわさきグループ
  • 垂水フェリー（旧:大隅交通ネットワーク）◎
  • 鹿商海運◎
• なんきゅうドック（2018年に南九船舶を合併） - 山川・根占フェリー
• コスモライン◎
• 三島村営（フェリーみしま）◎
• 十島村営（フェリーとしま）◎
• 奄美海運◎
• 瀬戸内町営（フェリーかけろま）

• 座間味村営（フェリーざまみ3）
• 渡嘉敷村営（フェリーとかしき）
• 粟国村営（ニューフェリーあぐに）
• 久米商船◎（フェリー琉球・フェリー海邦）
• 大東海運（だいとう）
• 伊是名村営（フェリーいぜな尚円）
• 伊平屋村営（フェリーいへや3）
• 伊江村営（いえしま・ぐすく）
• 神谷観光（フェリーくがに）
• 久高海運（フェリーくだかIII）
• 多良間海運（フェリーたらまゆう）
• 八重山観光フェリー（かりゆし・ゆいまる）
• 安栄観光（フェリーはてるま2・ぱいかじ）
• 石垣島ドリーム観光（フェリードリーム）
• 福山海運（フェリーよなくに）

• SHKライングループ
  • 関釜フェリー（下関～釜山）
  • 蘇州下関フェリー（下関～太倉 貨物航路）